求助关于高斯溶剂化模型计算含Zn的有机配位结构的结合能为正的问题

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2021-3-31 10:43:59

本帖最后由 Jaydu1996 于 2021-3-31 10:57 编辑

体系：Zn离子有机分子C26O6S4H8（大平面共轭分子）优化结构关键词：# opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj scrf(smd, solvent=water)

高精度单点能：#P B2PLYP/def2TZVP em=gd3bj

气相单点能：#P m062x/6-31+g* em=gd3
溶剂下单点能：#p m062x/6-31+g* em=gd3 scrf(smd,solvent=water)
获得Zn离子与有机分子之间作用大小，由各自对应的溶剂下自由能相减得到。（溶剂下自由能的计算过程，参考了谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算）

问题在于我计算得到的锌离子与有机分子之间的能量是正值，这是不符合实验的结果，所以想问问大家，是我关键词哪一块儿没有修改，或者修改不对，希望大家指导一下

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-3-31 10:47:55

标题里“不准确”和正文里“之间的能量”描述不准确，如果是结合能为正，你直接说“结合能为正”即可，如果是能垒你就说能垒，都用专业术语

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2021-3-31 10:58:36

zjxitcc 发表于 2021-3-31 10:47
标题里“不准确”和正文里“之间的能量”描述不准确，如果是结合能为正，你直接说“结合能为正”即可，如果 ...

谢谢指正，我已经改过来了

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-31 15:34:23

用SMD算溶解自由能应当用M05-2X/6-31G*。带D3没意义，结构相同时一求差就抵消了

高精度单点能应当用B2PLYP-D3(BJ)而非B2PLYP，前者比后者算能量问题好不少

为了恰当描述Zn离子在水环境中的情况，必须考虑配位水，不能当单个原子的离子，否则光靠SMD算出来它的溶解自由能误差极大

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-31 15:34:51

锌考虑显式溶剂化了吗

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2021-3-31 16:40:44

wzkchem5 发表于 2021-3-31 15:34
锌考虑显式溶剂化了吗

没有考虑，我在想如果我Zn考虑显式溶剂化，那是不是也就意味着跟有机分子配位的时候也得考虑加上一个溶剂分子

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2021-3-31 16:45:34

sobereva 发表于 2021-3-31 15:34
用SMD算溶解自由能应当用M05-2X/6-31G*。带D3没意义，结构相同时一求差就抵消了

高精度单点能应当用B2PL ...

1. 有点不懂B2PLYP-D3(BJ) 与 B2PLYP在添加范德华力关键词em=gd3bj有什么不同吗
2. 如果要考虑锌离子的水环境，那么几个水分子是比较合适的，毕竟单独的一个锌离子是可以配位多个水分子，并且锌离子与有机分子配位的时候是否也应当加上这些水分子呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-31 19:42:53

Jaydu1996 发表于 2021-3-31 16:40
没有考虑，我在想如果我Zn考虑显式溶剂化，那是不是也就意味着跟有机分子配位的时候也得考虑加上一个溶剂 ...

那得到的结果完全不可信。
Zn离子好像是和6个水配位（你查一下，确认一下），和有机分子配位后，还剩几个空配位点，就加几个水分子，稍微严格一点的做法是把不同个数的水分子都试一下，取结合自由能最低的

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-31 20:32:40

Jaydu1996 发表于 2021-3-31 16:45
1. 有点不懂B2PLYP-D3(BJ) 与 B2PLYP在添加范德华力关键词em=gd3bj有什么不同吗
2. 如果要考虑锌离子 ...

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
色散校正不要称呼为添加范德华力，语义根本不同

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