求助：硝基酶催化中心（钼）的基组选择？

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-15 09:40:47

本帖最后由 lao7 于 2019-10-15 10:50 编辑

计算以钼为催化中心的分子、催化硝基还原生成亚硝基的模型。设想计算过渡态能量变化。需要考虑周围氢键（或者弱相互作用）、钼元素。但不确定用什么计算方法合适？体系52个原子。计算机24核Intel至强，128G内存（预想半天能算完一个体系）。

预想的方法：
1）Orca体系：!BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J Opt （orca设置太复杂，候选项；也不确定是否可行）

2）高斯体系： opt b3lyp//def2SVP EmpiricalDispersion=GD3BJ 写法不知道是否合适（优化）？然后计算过渡态。

请诸位给出建议？尤其高斯体系。

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-15 17:10:30

1 用B97-3c优化。PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVP算单点
ORCA一点也不复杂，用Multiwfn产生输入文件非常容易
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

2 对于优化，建议用PBE0-D3(BJ)，Mo用SDD，其它用6-311G*。单斜杠和双斜杠要分清楚，意义完全不同。算单点可以都用def2-TZVP

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-15 19:57:28

sobereva 发表于 2019-10-15 17:10
1 用B97-3c优化。PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVP算单点
ORCA一点也不复杂，用Multiwfn产生输入文件非常容易
详 ...

谢谢SOB，方法2：你提到的PBE0应该指的是PBE1PBE吧？
写法应该是：
# opt PBE1PBE/Genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ

请问，1）能量矫正（EmpiricalDispersion=GD3BJ）是写在优化的时候，还是应该写def2-TZVP计算能量的时候？
2）如果牵涉到过渡态计算，能否用这个方法（# opt PBE1PBE/Genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ）
3）我后面的写法，请帮我看看对不对？谢谢！

分子的高斯坐标....
(空格)
Mo 0
SDD
***
C H O N S Cl 0
6-311G*
***
（空格）
Mo 0
SDD

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-16 00:07:12

是

1 二者都用
2 可以
3 对。0其实没必要写

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-16 10:05:54

本帖最后由 lao7 于 2019-10-16 17:06 编辑

sobereva 发表于 2019-10-16 00:07
是

1 二者都用

谢谢Sob! 如果把这一体系就行振动分析，是否能够在PBE1PBE/def2TZVP上面进行（含Mo）？我不明白，之前一直用B3LYP/6-31G**
而且，我还想追问的一个问题是：为什么选用PBE1PBE，而摒弃掉B3LYP？是单纯考虑计算量吗？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-17 00:57:58

lao7 发表于 2019-10-16 10:05
谢谢Sob! 如果把这一体系就行振动分析，是否能够在PBE1PBE/def2TZVP上面进行（含Mo）？我不明白，之前一 ...

def2TZVP下做振动分析很昂贵。优化和振动分析完全没必要用def2-TZVP
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
PBE0和B3LYP耗时基本没区别

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-17 16:24:23

sobereva 发表于 2019-10-17 00:57
def2TZVP下做振动分析很昂贵。优化和振动分析完全没必要用def2-TZVP
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函 ...

谢谢！请问如果对上述红外光谱预测（freq），仅仅在优化（PBE0-D3(BJ)/Mo用SDD，其它6-311G*）后，做PBE0-D3(BJ)/def2-TZVP层面的振动分析，应该就可以了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-18 01:44:21

lao7 发表于 2019-10-17 16:24
谢谢！请问如果对上述红外光谱预测（freq），仅仅在优化（PBE0-D3(BJ)/Mo用SDD，其它6-311G*）后，做PBE0 ...

显然不行。优化和振动分析必须严格在同一级别

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-18 09:08:49

sobereva 发表于 2019-10-18 01:44
显然不行。优化和振动分析必须严格在同一级别

知道了。谢谢！

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-21 11:38:23

sobereva 发表于 2019-10-15 17:10
1 用B97-3c优化。PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVP算单点
ORCA一点也不复杂，用Multiwfn产生输入文件非常容易
详 ...

sob，请问：如果我 opt b3lyp//def2SVP EmpiricalDispersion=GD3BJ这个方式计算，能否满足要求（得到同行认可）？因为里面涉及过渡态、振动分析。我发觉SDD基组加了之后，振动、过渡态计算都很棘手。两个计算体系，一个体系中心离子是Mo，另外一个是Fe，谢谢！

我的目的，1）是想看看从初始反应物到产物能量变化（计算过渡态）？
2）想和实际的红外光谱对比一下，看看官能团振动情况。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-21 22:10:05

lao7 发表于 2019-10-21 11:38
sob，请问：如果我 opt b3lyp//def2SVP EmpiricalDispersion=GD3BJ这个方式计算，能否满足要求（得到同行 ...

这和用不用SDD没直接关系
def2-SVP描述过渡金属的质量还不如SDD标配的赝势基组，而且对于Fe还不是赝势基组，比用SDD更为耗时

lao7 · 发表于 Post on 2019-10-21 22:21:33

sobereva 发表于 2019-10-21 22:10
这和用不用SDD没直接关系
def2-SVP描述过渡金属的质量还不如SDD标配的赝势基组，而且对于Fe还不是赝势基 ...

谢谢Sob！每天晚上坚持回复，很值得学习！受教了。

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