150个构象，template加了关键词opt=cartesian且设置了igaucontinue=1，跑完后无一收敛

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-7 11:17:09

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-7 11:18 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
   你们好！
   由于昨天跑Molclus后窗口提示我Error：three atoms are lying in the same line。所以我今天在template.gjf里加了关键词opt=cartesian, 并且设置了igaucontinue=1以便调用template2.gjf。好事是：Molclus Window开始刷刷刷的跑起来了，我很激动；坏事是：150个构象都跑完后每一个后边都有Error，没一个收敛，所以isomers.xyz理所当然肯定是空白的啦。
   我把我的所有输入输出及MolclusWindow文件放在百度网盘里（链接：https://pan.baidu.com/s/1SfY9Ob0SWHqARLbNTgCLBg，提取码：1111），大家帮忙看看是啥原因啊，150个构象咋就能全军覆没无一生还呢？

chands · 发表于 Post on 2022-6-7 11:23:45

本帖最后由 chands 于 2022-6-7 11:38 编辑

经常遇到优化没在指定步数内收敛的情况，我的方法是提取chk文件内的结构，去掉重复的不合理的，再优化。
http://bbs.keinsci.com/thread-28984-1-1.html

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-7 11:31:35

chands 发表于 2022-6-7 11:23
经常遇到优化没在指定步数内收敛，我的方法是提取chk文件内的结构，去掉重复的不合理的，再优化。
http:// ...

谢谢您。看了你的帖子，Sober老师说"你可以让Multiwfn备份每个任务的输出文件（settings.ini里ibkout选项），自行从输出文件里提取优化失败的半成品结构"，具体是怎么操作呢？我的settings.ini里ibkout选项设置为1了，所以150个构象都有chk文件输出。

chands · 发表于 Post on 2022-6-7 11:35:20

本帖最后由 chands 于 2022-6-7 11:43 编辑

ReviewReview 发表于 2022-6-7 11:31
谢谢您。看了你的帖子，Sober老师说"你可以让Multiwfn备份每个任务的输出文件（settings.ini里ibkout选项 ...

笨方法，手动copy paste，理论上可以写个脚本从chk/fchk里提取，不过本宝宝不会。但是我的构型没这么多。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-7 12:55:28

chands 发表于 2022-6-7 11:35
笨方法，手动copy paste，理论上可以写个脚本从chk/fchk里提取，不过本宝宝不会。但是我的构型没这么多。

昂昂明白啦，太感谢啦，那我就开始愚公移山啦

~

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-8 13:45:17

太欠缺量化基本常识
# PM7 em=GD3BJ opt=cartesian明显没法算，PM7怎么能加DFT-D3(BJ)。我的所有molclus帖子里的超级详细的例子中从来没有这么用过

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-8 14:35:23

sobereva 发表于 2022-6-8 13:45
太欠缺量化基本常识
# PM7 em=GD3BJ opt=cartesian明显没法算，PM7怎么能加DFT-D3(BJ)。我的所有molclus帖 ...

嗯嗯，记住啦老师。

ReviewReview · 发表于 Post on 2022-6-8 18:05:59

本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-8 18:07 编辑

sobereva 发表于 2022-6-8 13:45
太欠缺量化基本常识
# PM7 em=GD3BJ opt=cartesian明显没法算，PM7怎么能加DFT-D3(BJ)。我的所有molclus帖 ...

听了您的诊断，我下午重新试了一下，Molclus成功跑起来了，有的收敛有的不收敛并且收敛的也把能量给出来啦，isomers.xyz文件里也有内容写入啦，真的很开心，来向您报喜并且致谢！

woshiblake · 发表于 Post on 2022-9-30 09:48:06

sobereva 发表于 2022-6-8 13:45
太欠缺量化基本常识
# PM7 em=GD3BJ opt=cartesian明显没法算，PM7怎么能加DFT-D3(BJ)。我的所有molclus帖 ...

我用的输入文件：
%mem=70GB
%CPU=13-24
# pm7 opt=cartesian

Template file

0 1
[GEOMETRY]
但还是报错：The optimization failed due to certain reason, e.g. SCF unconvergence, three atoms are lying in the same line
救命呀

chands · 发表于 Post on 2022-9-30 11:14:21

woshiblake 发表于 2022-9-30 09:48
我用的输入文件：
%mem=70GB
%CPU=13-24

你这个要贴出输入输出文件才知道。

woshiblake · 发表于 Post on 2022-9-30 15:52:34

chands 发表于 2022-9-30 11:14
你这个要贴出输入输出文件才知道。

Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to certain reason, e.g. SCF unconvergence, three atoms are lying in the same line

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-30 16:39:36

woshiblake 发表于 2022-9-30 08:52
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to certain reason, e.g. ...

这个体系有过渡金属，用PM7算不准，建议改用GFN-xTB或GFN2-xTB

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-2 04:39:38

woshiblake 发表于 2022-9-30 15:52
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed due to certain reason, e.g. ...

out文件末尾提示得很清楚

SCF Done: E(RPM7) = -0.861942121321 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.35D-07 -V/T= 0.9983
Convergence failure -- run terminated.

对过渡金属配合物，让molclus调用xtb在GFN1-xTB或GFN2-xTB级别做初筛

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[Molclus] 150个构象，template加了关键词opt=cartesian且设置了igaucontinue=1，跑完后无一收敛

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