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[其它量化程序] 请问用turbomole可以计算电子转移过程吗

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各位老师,我想请问用turbomole程序可以计算电子转移过程吗?我有一个含铁酶的体系,涉及电子转移过程,我知道用gaussian可以算,不知道turbomole是否可以,请问有具体方法或者相关文献吗,我没有查到,望不吝赐教,谢谢!!

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发表于 Post on 2019-1-18 19:11:41 | 只看该作者 Only view this author
“电子转移过程”指代不明,这种问题有不同考察方法,必须说清楚到底想怎么研究
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-12 19:02:42 | 只看该作者 Only view this author
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-30 10:08:35 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么 ...

您好,我计算的是酶促反应,因此反应物构象被酶环境限制住了,可动的范围很小。

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发表于 Post on 2019-7-30 21:14:18 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么 ...

两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

对于小分子-蛋白质复合物,一般用X光衍射结构,或者分子对接方式得到初始构型,之后再优化

不可能没有一丁点电子转移。电子转移可以通过Multiwfn计算片段电荷定量考察(演示:https://www.bilibili.com/video/av26312703/ ),也可以通过绘制密度差图图形化考察(看http://sobereva.com/113
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 20:51:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 21:00:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

sob老师,我研究的酶反应中有一步是OOH-(其中一端的O与Fe原子配位)的H+被残基夺取了,但是扫描出的能垒较高,根据自旋密度发现反应前后Fe与O发生了电子转移,我想研究一下是否电子转移是导致能垒较高的原因之一,该如何研究呢,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-7-31 23:28:55 | 只看该作者 Only view this author
小蒜泥 发表于 2019-7-31 21:00
sob老师,我研究的酶反应中有一步是OOH-(其中一端的O与Fe原子配位)的H+被残基夺取了,但是扫描出的能垒 ...

我不觉得这有太直接的关系,也没有什么考察的办法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 10:13:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-31 23:28
我不觉得这有太直接的关系,也没有什么考察的办法

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-2 15:11:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2020-1-2 10:44:19 | 只看该作者 Only view this author
请问gaussian怎么计算转移的过程呀

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发表于 Post on 2020-1-3 18:09:17 | 只看该作者 Only view this author
wuyiyyyy 发表于 2020-1-2 10:44
请问gaussian怎么计算转移的过程呀

前面都已经回复了
算完了用Multiwfn做电荷、布居分析、密度差图等
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