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[其它量化程序] 请问用turbomole可以计算电子转移过程吗

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发表于 2019-1-18 17:02:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师,我想请问用turbomole程序可以计算电子转移过程吗?我有一个含铁酶的体系,涉及电子转移过程,我知道用gaussian可以算,不知道turbomole是否可以,请问有具体方法或者相关文献吗,我没有查到,望不吝赐教,谢谢!!

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发表于 2019-1-18 19:11:41 | 显示全部楼层
“电子转移过程”指代不明,这种问题有不同考察方法,必须说清楚到底想怎么研究
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发表于 2019-6-12 19:02:42 | 显示全部楼层
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么原因

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 楼主| 发表于 2019-7-30 10:08:35 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么 ...

您好,我计算的是酶促反应,因此反应物构象被酶环境限制住了,可动的范围很小。

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发表于 2019-7-30 21:14:18 | 显示全部楼层
liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗?我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生,不知道什么 ...

两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

对于小分子-蛋白质复合物,一般用X光衍射结构,或者分子对接方式得到初始构型,之后再优化

不可能没有一丁点电子转移。电子转移可以通过Multiwfn计算片段电荷定量考察(演示:https://www.bilibili.com/video/av26312703/ ),也可以通过绘制密度差图图形化考察(看http://sobereva.com/113
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 楼主| 发表于 2019-7-31 20:51:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

谢谢sob老师!

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 楼主| 发表于 2019-7-31 21:00:22 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

sob老师,我研究的酶反应中有一步是OOH-(其中一端的O与Fe原子配位)的H+被残基夺取了,但是扫描出的能垒较高,根据自旋密度发现反应前后Fe与O发生了电子转移,我想研究一下是否电子转移是导致能垒较高的原因之一,该如何研究呢,谢谢老师!

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发表于 2019-7-31 23:28:55 | 显示全部楼层
小蒜泥 发表于 2019-7-31 21:00
sob老师,我研究的酶反应中有一步是OOH-(其中一端的O与Fe原子配位)的H+被残基夺取了,但是扫描出的能垒 ...

我不觉得这有太直接的关系,也没有什么考察的办法
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 楼主| 发表于 2019-8-1 10:13:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-31 23:28
我不觉得这有太直接的关系,也没有什么考察的办法

好的,谢谢老师!

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发表于 2019-8-2 15:11:49 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究,怎么获得这样的构型,看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

好的谢谢老师
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