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[GROMACS] 求助:gromacs无法识别我的分子

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本帖最后由 a617788816 于 2019-12-13 13:32 编辑

sob老师 我检查了数遍还是无法在数据库找到我的分子,请问是什么问题啊
我想用得是乙酸根 命名ACE-, 已经在dat文件名称数据库录入,力场下的aminoacid.atp文件,ffbonded.itp文件,pdb文件等等我都检查了,因为是乙酸跟,不存在什么新的键,不需要修改atp和力场的itp文件,我也单独写了一个,residuetypes.dat文件我也添加了残基名称,如图所示,用的是pdb2gmx命令,到底为什么识别不了导致生成不了top文件啊,困扰了很久,请sob老师能详细解答一下,我找了许多资料都说是rtp文件漏写,但我都检查数遍了,报错如图 ,请问是怎么回事啊?

D.png (60.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

D.png

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发表于 Post on 2019-12-2 01:51:21 | 只看该作者 Only view this author
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了,参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-6 16:53:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2019-12-7 12:39 编辑
sobereva 发表于 2019-12-2 01:51
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了,参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
ht ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

里面提到linux系统下给RESP.sh添加可执行权限是chmod +x ./RESP.sh
我用的是windows,这一步应该用什么命令,我写这个命令,是不存在,如何给windos下的该文件添加权限呢?
chmod +x ./RESP.sh cant be found, input again

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发表于 Post on 2019-12-8 18:52:07 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2019-12-6 16:53
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476(http://bbs.keinsci. ...

这是linux下的bash脚本,你在windows下怎么运行?(除非你用cygwin、cmder模拟bash环境之类的)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-21 16:20:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-2 01:51
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了,参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
ht ...

sob老师,我计算了乙酸根的RESP电荷没有问题,两个羧基O带电是相等的
但是当我计算乙酸分子的RESP电荷的时候,我发现计算出来的两个羧基O还是带电量相等,虽然与乙酸根有区别,羧基上面的两个O,接氢的时候,不是应该两个O带电量不同吗,这个如何解决

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发表于 Post on 2019-12-22 00:44:44 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2019-12-21 16:20
sob老师,我计算了乙酸根的RESP电荷没有问题,两个羧基O带电是相等的
但是当我计算乙酸分子的RESP电荷的 ...

你不要求两个氧相等就不可能相等

这是Multiwfn算乙酸RESP电荷的输出
   Center       Charge
     1(C )   0.7031424159
     2(O )  -0.5301413433
     3(O )  -0.5744964241
     4(C )  -0.3030529845
     5(H )   0.1067921901
     6(H )   0.1069509810
     7(H )   0.0866513851
     8(H )   0.4041537799
Sum of charges:   0.0000000000
RMSE:    0.001420   RRMSE:    0.096208

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-18 23:40:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-19 15:32 编辑
sobereva 发表于 2019-12-22 00:44
你不要求两个氧相等就不可能相等

这是Multiwfn算乙酸RESP电荷的输出

              乳酸             乳酸根
  C       -0.350218         -0.294750
  H        0.104632         0.066188
  H        0.104632         0.066188
  H        0.104632         0.066188
  C        0.439285         0.477640
  H       -0.009263        -0.058133
  C        0.680496        0.727554
  O       -0.734034        -0.779284
  H        0.445945        0.407201
  O       -0.676749        -0.839396
  H        0.502963         
  O       -0.612323        -0.839396
这是我用高斯优化后用Multiwfn计算的RESP电荷,对乳酸跟的羧基氧进行约束,乳酸未约束,但算出来的5号H是均是负电,这结果是否合理呢,还想请问,如何判断自己的等价约束是否造成大的影响,您文章里面提到用RRMSE,如何得到呢?

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发表于 Post on 2020-1-19 18:40:00 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-18 23:40
乳酸             乳酸根
  C       -0.350218         -0.294750
  H        0.104632  ...

那是6号H
微量负电没有什么新鲜的
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