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[新手求助] 请问离子液体怎样再Gaussview中添加电荷?

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请问离子液体怎样再Gaussview中添加电荷,我更改了charge和多重度,再打开还是显示中性,

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发表于 Post on 2020-2-25 21:01:45 | 只看该作者 Only view this author
左下角写的明明是-1 charge

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发表于 Post on 2020-2-25 22:22:40 | 只看该作者 Only view this author
眼神问题。楼上正解。另外,你改电荷就罢了,改自旋多重度可是要命的。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-26 11:58:44 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-25 21:01
左下角写的明明是-1 charge

你好 这是我改后的 但是保存之后再打开 就又显示中性了

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发表于 Post on 2020-2-26 12:12:34 | 只看该作者 Only view this author
lxc 发表于 2020-2-26 11:58
你好 这是我改后的 但是保存之后再打开 就又显示中性了

怎么改的,怎么显示的。绝大部分情况你应该扔掉GaussView生成关键词的功能,用文本编辑器比如最简单的记事本打开输入文件(Windows下默认.gjf),手动改里面关键词,然后调用g09w.exe或者g09.exe计算。用GaussView生成太麻烦,太乱,不方便,而且不容易确定有没有错。

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发表于 Post on 2020-2-26 19:08:04 | 只看该作者 Only view this author
自己手动修改gjf的电荷。之后gjf载入gview绝对不可能给你显示成中性,因为此时gview状态栏的电荷就是从gjf里读的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 16:10:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-26 19:08
自己手动修改gjf的电荷。之后gjf载入gview绝对不可能给你显示成中性,因为此时gview状态栏的电荷就是从gjf ...

你好  gif载入·后确实是有电荷的·  请问为什么保存成pdb文件后·再打开就显示中性了

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发表于 Post on 2020-2-29 16:26:53 | 只看该作者 Only view this author
lxc 发表于 2020-2-29 16:10
你好  gif载入·后确实是有电荷的·  请问为什么保存成pdb文件后·再打开就显示中性了

gjf是Gaussian Job File缩写,不是gif。
自己用文本编辑器比如记事本打开你的pdb文件看一眼就明白了。根本没有记录这个字段。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 10:30:02 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-29 16:26
gjf是Gaussian Job File缩写,不是gif。
自己用文本编辑器比如记事本打开你的pdb文件看一眼就明白了。根 ...

好的  可是我要用pdb文件建离子模型  那应该怎么办呢

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发表于 Post on 2020-3-1 23:25:30 | 只看该作者 Only view this author
lxc 发表于 2020-3-1 10:30
好的  可是我要用pdb文件建离子模型  那应该怎么办呢

完全搞不懂你的意思
实际做计算的时候电荷该是几自己在gjf里一写就完了,何必管gview怎么显示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-2 08:54:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-1 23:25
完全搞不懂你的意思
实际做计算的时候电荷该是几自己在gjf里一写就完了,何必管gview怎么显示

您好 我想做的的是这样的:1. GAUSSVIEW建立单个pt,离子液体BF4-,EMIM+构型
                                      2. PACKMOL建立初始模型(包含11644个pt原子的毛细管中 的2160个分     子的初始构型和平衡后的最终构型),导出pdb文件。
                                    3VMD将pdb文件转化为data文件,修改data文件中的势能 参数,键结作用参数和键角参数等。得到LAMMPS可读取DATA文件。
                                4.LAMMPS运行,得到,轨迹坐标文件等。
复现一篇文献,现在不知道怎样才算得到离子文件,就电荷那有问题

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发表于 Post on 2020-3-3 10:54:36 | 只看该作者 Only view this author
lxc 发表于 2020-3-2 08:54
您好 我想做的的是这样的:1. GAUSSVIEW建立单个pt,离子液体BF4-,EMIM+构型
                          ...

你当前只是把gview当建模工具用,何必管它电荷怎么显示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-3 11:32:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-3 10:54
你当前只是把gview当建模工具用,何必管它电荷怎么显示

就是我怎样确定我建立的是离子而不是分子呢?  因为后面要加电场。我看的一篇文献就写用钠离子的的pdb文件构造模型,就是不知道怎样才算是离子构型

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-3 12:53:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-3 10:54
你当前只是把gview当建模工具用,何必管它电荷怎么显示

好的 我大概懂了 电荷可以在data文件中设置。 谢谢你

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