分子动力学的结构优化、弛豫、退火的理解求助

lisa25496

一直在做分子动力学模拟，但是对于结构优化，弛豫，退火这些名词的理解还不够深刻。想和大家探讨一下这三个词？下面是我的理解，也不知道对不对？（1）结构优化，步骤在动力学计算之前，在0K下用原子间静力进行优化的方法。机构优化后的结构是相对稳定的基态结构。一般计算结果的判据是力和能量差是否在一定的范围内。
（2）退火，本质上是一种分子动力学过程。是在给定的温度条件下，加速达到体系平衡的过程。
（3）弛豫，分结构弛豫和动力学弛豫，是以上两个过程的统称。


还有几个问题，想向大家请教。
（1）我看有些文献做类似于团聚的动力学计算时也进行弛豫。这本身就是一个相对动态过程，是否有必要退火？或者说是不是所有的动力学计算都需要退火？
（2）退火的系综的确定，我一般都是按照文献来确定的。有没有什么说法必须用什么系综？
（3）动力学优化正确与否的判据？NVT是Etot不再变化？NVE是T不再变化？

alonewolfyang

分子间静力是啥

sobereva

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“分子动力学的结构优化 弛豫 退火”改了，以后务必注意

另外，你当前的帖子内容和Lammps没体现出直接关系，已经把你不恰当的分类改了，以后注意

sobereva

没有叫“原子间静力”的东西，那叫原子的受力
几何优化和温度毫无关系，0K也不能说，仔细看此文端正认识：
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）
“基态结构”表述不确切。某些分子力场是专门描述特定分子的激发态势能面的


通常来说，退火强调的是变温过程，因此“给定的温度条件下”这种描述不确切

通常结构弛豫指的就是能量极小化过程，除非有特定语境。“动力学弛豫”不算常规用词。


显然不是所有模拟都需要退火过程
常规情况下都用NPT，如果有特殊目的必须保持盒子尺寸固定就用NVE
“动力学优化”这种描述是自相矛盾的

lisa25496

sobereva 发表于 2020-4-27 00:58
没有叫“原子间静力”的东西，那叫原子的受力
几何优化和温度毫无关系，0K也不能说，仔细看此文端正认识： ...

最近在做一些模拟  在化学公社上学到了很多东西 感谢sob老师。

黑色桃花

sobereva 发表于 2020-4-27 00:29
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

大佬，能给讲讲就是lammps中的弛豫，能量最小化，以及MS中Forcite中的退火，淬火到底区别在哪吗

sobereva

黑色桃花 发表于 2021-6-25 16:41
大佬，能给讲讲就是lammps中的弛豫，能量最小化，以及MS中Forcite中的退火，淬火到底区别在哪吗

先把前面的回复仔细看了
明显都没看上来就问