PM7优化的结构无法在gview6里作静电势图

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-2 15:36:38

这是我用PM7半经验方法优化的结构，结果在gview6.0里面计算了分子表面静电势后显示不出表面静电势图，不知道什么原因。其它用DFT方法优化出来的结构都可以显示出来。还望大家指点，谢谢大家！

Frank · 发表于 Post on 2020-4-2 18:03:29

15个原子应该没人会用PM7

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-2 18:42:42

谢谢大家，我已经用multiwfn,vmd 和ps解决了

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-2 19:16:58

Frank 发表于 2020-4-2 18:03
15个原子应该没人会用PM7

是的我只是用小分子试了一个例子。我做的体系大概80原子左右，受疫情影响不能返校做了所以选了一个折中的方法

snljty · 发表于 Post on 2020-4-2 19:33:13

看一下卢老师这篇博文
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html

虽然用半经验方法如PM6算几百个原子很快，但是一般的程序都不支持基于半经验方法得到的波函数去算静电势。碰到这种情况，最佳的出路就是用Grimme的xtb程序。

你确定Multiwfn可以用PM7的Slater型原子轨道的波函数来算静电势？

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-2 21:40:23

snljty 发表于 2020-4-2 19:33
看一下卢老师这篇博文
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://bbs.keinsci.com/thread-1314 ...

其实我也不是特别懂，我才刚入门，在做本科毕设。把chk文件丢进multiwfn里算的

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-3 11:15:15

Multiwfn没法基于半经验波函数做分析，即便不报错，结果也是错的。千万不要以为不报错结果就能用
对于普通家用机，80个原子用DFT做个单点也不可能算不动。拿PM7做优化、振动分析之类的，最后拿B3LYP/6-31G*算个单点（可以结合scf=conver=6节约几分之一的时间），然后做波函数分析。
就算DFT单点都算不动，也可以用xtb。Multiwfn结合xtb做波函数分析结果是绝对没问题的。

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-3 21:33:36

sobereva 发表于 2020-4-3 11:15
Multiwfn没法基于半经验波函数做分析，即便不报错，结果也是错的。千万不要以为不报错结果就能用
对于普通 ...

好的，谢谢sob老师及时纠错

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-4 10:13:50

sobereva 发表于 2020-4-3 11:15
Multiwfn没法基于半经验波函数做分析，即便不报错，结果也是错的。千万不要以为不报错结果就能用
对于普通 ...

老师，那我之前基于PM7优化结构做的AIM分析和弱作用填色图是不是也不能用啊

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-6 20:41:17

Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-4 10:13
老师，那我之前基于PM7优化结构做的AIM分析和弱作用填色图是不是也不能用啊

不能用

如果填色图你是指基于promolecular的RDG，或者IGM，由于都是只依赖于几何结构的，倒是可以用。如果是常规定义的RDG则不能用。

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