新手小白对于蛋白质分子动力学模拟的一些小疑惑，请求各位大佬指点！！！

gordon-one

各位大佬，本人是在分子动力学方面还是个小白，但是目前需要做蛋白质方向的分子动力学模拟，在自学一段时间后，有一些疑惑想请各位大佬帮忙点拨一番。
首先，我尝试了一下用gromacs的pdb2gmx产生拓扑文件（用的是CHARMM22力场），但是其表达式中各项参数，如kb，kφ等常数是否只与原子的种类相关？
其次，其中的b0，θ0等为平衡值，那么若是做蛋白质折叠，在不知道平衡值的情况下，该怎么去操作呢？

对抗路达摩

是否只与原子的种类相关。
做蛋白折叠不需要提前知道最终结构的平衡值。
一个好的折叠力场可以在不知道最终结构任何信息的前提下，从序列从头折叠成三级结构。

gordon-one

对抗路达摩 发表于 2022-8-11 14:27
是否只与原子的种类相关。
做蛋白折叠不需要提前知道最终结构的平衡值。
一个好的折叠力场可以在不知道最 ...

所以，大佬有什么可以建议看的文章、书籍或者视频么？

对抗路达摩

gordon-one 发表于 2022-8-11 15:23
所以，大佬有什么可以建议看的文章、书籍或者视频么？

MD在从头折叠这个问题上，虽然能够提供一些折叠过程之类的视野，但总体已经被alphafold远远甩开了，现在做从头折叠不算很有价值。
课程可以看卢天老师开的培训班，付费的。
书的话可以看The art of molecular dynamics simulation
understanding molecular simulation from algorithms to applications
molecular modelling principles and applications

gordon-one

对抗路达摩 发表于 2022-8-11 20:45
MD在从头折叠这个问题上，虽然能够提供一些折叠过程之类的视野，但总体已经被alphafold远远甩开了，现在 ...

谢谢大佬！！！
我是想先从小的蛋白质入手，做一个规模较小的蛋白质的MD折叠，但目前主要卡在charmm力场的各个参数的获取途径上，对于各个参数的具体信息不是特别了解（比如之前提到的平衡值以及k等常数是否只与原子种类有关等），希望大佬能够给予一些指点。

对抗路达摩

gordon-one 发表于 2022-8-12 12:59
谢谢大佬！！！
我是想先从小的蛋白质入手，做一个规模较小的蛋白质的MD折叠，但目前主要卡在charmm力场 ...

这些参数是力场自带的，不需要你给出，你如果是纯新手直接用给定的参数就可以了。另外charmm22版本比较老了，可以用charmm36m。

gordon-one

对抗路达摩 发表于 2022-8-12 15:22
这些参数是力场自带的，不需要你给出，你如果是纯新手直接用给定的参数就可以了。另外charmm22版本比较老 ...

谢谢大佬！！
我尝试了一下下，用一个pdb文件生成top文件，但是里边的参数是没有的，具体的图片在下面这个帖子中：
求助：pdb2gmx生成的top文件中没有参数，不晓得是什么原因，急！！！
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 31521&fromuid=40537
(出处: 计算化学公社)
这会不会是因为gromacs自带的charmm22太老了，需要用较新的力场呢？

对抗路达摩

gordon-one 发表于 2022-8-12 16:23
谢谢大佬！！
我尝试了一下下，用一个pdb文件生成top文件，但是里边的参数是没有的，具体的图片在下面这 ...

你需要补习gromacs基本知识
这种不写明的情况会去力场的ffbonded里匹配 根据相应的原子类型给出

yanyu01

gordon-one 发表于 2022-8-12 16:23
谢谢大佬！！
我尝试了一下下，用一个pdb文件生成top文件，但是里边的参数是没有的，具体的图片在下面这 ...

有可能是你的rtp中的残基与pdb中的残基名不吻合。

Frozen-Penguin

yanyu01 发表于 2022-8-13 03:14
有可能是你的rtp中的残基与pdb中的残基名不吻合。

正常情况下就是没有的