多肽的C端多连接一个氨基，怎么生成参数？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-1-19 22:19:15

有一段肽段的羧基末端连接一个氨基成肽键，做模拟时，怎么生成这个末端氨基的参数？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-20 07:30:58

作为非标准氨基酸，在搞懂pdb2gmx用到的rtp、tdb、hdb文件的基础上创建一个新的氨基酸定义
涉及到的参数、原子电荷弄的方法可借助Sobtop，参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ5（当然，当前不涉及这里说的甲氨封闭的问题）

Sobtop倒是可以帮助你去产生非标准残基的rtp文件。具体来说就是给标准残基两侧用ACE（乙酰）和NME（甲胺）封闭成模型分子，用量子化学程序做优化和振动分析。基于得到的波函数文件，用Multiwfn对非标准残基计算RESP电荷（将中间的残基的净电荷约束为整数）并得到chg文件。然后在Sobtop里载入模型分子的mol2文件，从chg文件里载入原子电荷，然后选产生rtp文件，其间让Sobtop自动指认AMBER原子类型，并要求从预置力场库文件里取合适的参数，缺的让Sobtop基于Hessian算出来。然后把得到的rtp里的字段恰当处理从分子状态变成为残基状态后，挪到GROMACS力场目录下的rtp里。

k64_cc · 发表于 Post on 2023-1-20 13:19:21

NME封端的参数在Amber里是有明确定义的，是一个单独的残基，就叫NME。按理说匹配得上。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-1-24 16:42:37

k64_cc 发表于 2023-1-20 13:19
NME封端的参数在Amber里是有明确定义的，是一个单独的残基，就叫NME。按理说匹配得上。

那个是甲胺封闭的吧一般固相合成都是NH2封闭

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-1-31 16:08:33

这个肽最后一个是NAL氨基酸，用pdb2gmx处理加-ter，最后氨基酸的C端加上一个氨基；

但是加离子时，报错说肽的末端NAL氨基酸的C-CA-CB-CG二面角项没有，请问老师这个怎么解决？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-7 13:29:08

sobereva 发表于 2023-1-20 07:30
作为非标准氨基酸，在搞懂pdb2gmx用到的rtp、tdb、hdb文件的基础上创建一个新的氨基酸定义
涉及到的参数、 ...

老师，请问有可以生成CHARMM立场的非标准氨基酸参数的方法吗？
体系的其它部分用的是CHARMM立场。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-8 05:24:08

灵芝5 发表于 2023-2-7 13:29
老师，请问有可以生成CHARMM立场的非标准氨基酸参数的方法吗？
体系的其它部分用的是CHARMM立场。

如果用GAFF/AMBER我能告诉你
CHARMM从来不是我的优先选择，本来用CHARMM能描述的用GAFF/AMBER以及兼容的其它力场都能描述得很好，用GAFF/AMBER还能借助sobtop

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-8 10:16:35

谢谢卢老师答复！

老师，请问模拟膜蛋白和肽配体的体系，CHARMM和GAFF力场可以混用吗？比如蛋白力场用CHARMM，肽配体力场用GAFF？
另外，Sobtop程序中可以自定义用CHARMM力场生成参数吗？

感谢！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 多肽的C端多连接一个氨基，怎么生成参数？

浏览过的版块