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[综合交流] 求助:关于含N有机小分子在Fe(001)表面吸附静电相互作用的计算

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各位老师好,我在研究含N有机小分子在Fe(001)表面吸附时,去计算了该分子与Fe(001)表面的相互作用能。结果我发现静电相互作用远远小于范德华相互作用。
照理说,吸附发生是由于N原子的孤电子对和Fe原子的空d轨道的静电相互作用导致两者靠近并形成配位键。
但是为啥计算的静电作用会远小于范德华相互作用?请各位老师帮忙解答

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发表于 Post on 2022-3-3 10:26:09 | 只看该作者 Only view this author
一般对sp2或sp3的N原子可能提供孤对电子到金属Fe表面形成化学键(尽管可能不强,我个人经验单个位点可能不会超过1eV的贡献),即便力场去做也得在拓扑文件指定Fe-N成键的信息,但实际操作很难保证有力场能把这问题处理好,所以更建议采用量子化学级别的方法一些。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 12:10:13 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2022-3-3 10:26
一般对sp2或sp3的N原子可能提供孤对电子到金属Fe表面形成化学键(尽管可能不强,我个人经验单个位点可能不 ...

好的,谢谢你的帮助和建议

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发表于 Post on 2022-3-3 22:58:28 | 只看该作者 Only view this author
你先交代清楚你具体是怎么算的,什么程序、用的什么方法/力场参数、体系具体结构全都不交代,完全没法回答
仔细把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 10:18:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 22:58
你先交代清楚你具体是怎么算的,什么程序、用的什么方法/力场参数、体系具体结构全都不交代,完全没法回答
...

不好意思,sob老师,是我疏忽了。
MS,COMPASS,Ewald计算静电相互作用。
体系结构较简单:下层是Fe(001),上层是有机小分子的水溶液,并且有机小分子和Fe表面保持1.5 nm距离。
结果我发现静电相互作用远远小于范德华相互作用。

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发表于 Post on 2022-3-7 18:09:03 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2022-3-7 10:18
不好意思,sob老师,是我疏忽了。
MS,COMPASS,Ewald计算静电相互作用。
体系结构较简单:下层是Fe(00 ...

看当前计算用的Fe的原子电荷,如果设的是0,Fe和小分子之间根本就不可能有静电作用。总的静电作用也仅仅是来自小分子内部的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 10:34:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-7 18:09
看当前计算用的Fe的原子电荷,如果设的是0,Fe和小分子之间根本就不可能有静电作用。总的静电作用也仅仅 ...

谢谢老师指点迷津

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-9 11:30:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-7 18:09
看当前计算用的Fe的原子电荷,如果设的是0,Fe和小分子之间根本就不可能有静电作用。总的静电作用也仅仅 ...

sob老师,看完你的回答之后。我又想问一个问题。
按照我的Fe(001)表面电荷为0,因此在模拟中小分子头部N与Fe原子是不存在静电作用的;但是在模拟动画显示,每次吸附的都是N原子先和Fe(001)表面接触,请问这该如何解释?
MD模拟应该不会涉及到轨道相互作用吧?

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发表于 Post on 2022-3-9 20:08:45 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2022-3-9 11:30
sob老师,看完你的回答之后。我又想问一个问题。
按照我的Fe(001)表面电荷为0,因此在模拟中小分子头部N ...

经典力场的模拟显然没轨道的事

没细节没法判断原因
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发表于 Post on 2022-3-10 01:09:46 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2022-3-9 04:30
sob老师,看完你的回答之后。我又想问一个问题。
按照我的Fe(001)表面电荷为0,因此在模拟中小分子头部N ...

是Fe(001)表面总电荷为0,还是每个Fe原子的电荷都是0?
如果是前者,那么仍然有可能存在静电相互作用

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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