gromacs中模拟100ns蛋白质的rmsd会很大吗

zzdmw

之前看sob老师的关于体系中蛋白质如何判断平衡的问题，下面两张图是两个蛋白我跑100ns和120ns的结果，看之前的文章的大分子rmsd值都很小，我的好像偏大，这是为什么呢，图1中的rmsd在一个值上下波动，但好像波动范围是不符合sob老师之前的文章0.0几nm的，那么就认为是不稳定吗，图2第二个蛋白120ns的结果好像也逐渐趋于稳定，建议延长模拟时间吗

Serious

1）这个数值不常见。大未必意味着有问题，还得看你的参考系等。建议先检查结构、力场等参数；
2）对于较详细的疑题，我认为得把模拟体系与流程描述详细些，包含但不限于：①如何构建体系；②模拟流程；③是什么的RMSD值？针对主链？reference是什么结构？

sobereva

RMSD是对模拟过程中结构变化的一种体现，光从RMSD理解不清楚数值为什么大、为什么小、为什么在某些时刻有显著变化，自然应当去观看轨迹，诸如每隔一定帧数绘制一次叠合在一起考察。

没有具体绘制细节，没法解释你的图。