使用Amber+orca对酶体系进行QM/MM MD模拟问题

yjb · 发表于 Post on 2022-7-25 20:25:55

最近对一个蛋白体系（P450）进行QM/MM MD模拟，使用伞形抽样的方法进行PMF计算，计算反应机理能垒。
1.先用MCPB.py的方法构造的蛋白体系，之后进行能量最小化，升温，常规md，qm/mm md，模拟过程中体系都很稳定。
2.之后进行QM/MM MD模拟，选定底物上的一个C原子和-NO2的N原子，做一个距离的差值。在模拟的过程中发现整个卟啉环和底物都散掉了。

想请问各位老师，遇到这种情况是初始结构不对吗？还是其它什么问题？

hangmint · 发表于 Post on 2023-3-9 16:56:22

之前遇到过类似的，应该是你的QM参数设置有问题，楼主说的QMMM是指US采样，还是单纯的MD，我对楼主的US比较感兴趣，我目前使用的是AbMD采样，如果有机会可以一起交流一下。

yjb · 发表于 Post on 2023-3-9 17:45:33

hangmint 发表于 2023-3-9 16:56
之前遇到过类似的，应该是你的QM参数设置有问题，楼主说的QMMM是指US采样，还是单纯的MD，我对楼主的US比较 ...

是QM区域设置可能有问题，是US采样

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