求助：为什么在配置文件里一共run了6000W步，算出来结果只有3000个frame？

枝昂昂昂

求助：为什么在配置文件里一共run了6000W步，算出来结果只有3000个frame？
这是我的配置文件：
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Box


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/1bbl.psf
coordinates      /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/1bbl.pdb

set temperature    310
set outputname     eq

firsttimestep      0

# continuing a run
set inputname    /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/min/min  ;#only need to edit this in one place!
bincoordinates $inputname.coor    ;# coordinates from last run (binary)
#binvelocities  $inputname.vel     ;# velocities from last run (binary)
extendedSystem $inputname.xsc       ;# cell dimensions from last run


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters         /public/home/jiangzt/namd-simulation/zhendang/ASP-ZE06/par_all27_prot_lipid.inp
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    53.674   0.0   0.0
cellBasisVector2      0.0   53.991  0.0
cellBasisVector3     0.0    0     51.618
cellOrigin          -5.023  2.199  -0.741

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
PMEGridSizeX       64
PMEGridSizeY       64
PMEGridSizeZ       64


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2000    ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             2000
xstFreq             2000
outputEnergies      2000
outputPressure      2000

#Elect field
eFieldon     yes
eField       1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       -1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       -1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       -1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       -1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
eField       -1.38   0.0   0.0
run 3000000
eField       0   0.0   0.0
run 3000000
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

我的结果显示只有3000frame 【如图】

请问问题出在哪里了？ 感激不尽！

fhh2626

你跑的是600W步吧，2000帧存一步，就是3000帧

枝昂昂昂

fhh2626 发表于 2020-10-21 15:26
你跑的是600W步吧，2000帧存一步，就是3000帧

电场那里一共不是run了6000W吗？每一个都是300W。

WVzzz

步数和帧数不一样，dcdfreg2000，表示2000步往dcd轨迹文件存1帧