计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8676|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助 cpptraj合并轨迹

[复制链接 Copy URL]

72

帖子

0

威望

400

eV
积分
472

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我用cpptraj合并轨迹,然后拿得到的轨迹文件mdcrd用vmd打开:vmd -pram7 *prmtop -netcdf *mdcrd。
提示我不能读*mdcrd文件,我也试过用restart/coordinaters,发现也是打不开,这是为啥呢,谢谢,用到的脚本如下:

trajin   NPT-1.mdcrd
trajin   NPT-2.mdcrd
trajout  NPT-12.mdcrd
center :88-97
image familiar
go







54

帖子

0

威望

3090

eV
积分
3144

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2020-6-18 07:20:40 | 只看该作者 Only view this author
直接输出DCD文件试一试,trajout NPT-12.dcd
然后用VMD打开DCD和prmtop文件
An expert is a man who has made all the mistakes which can be made, in a narrow field.

72

帖子

0

威望

400

eV
积分
472

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-18 10:13:18 | 只看该作者 Only view this author
chenjinfeng850 发表于 2020-6-18 07:20
直接输出DCD文件试一试,trajout NPT-12.dcd
然后用VMD打开DCD和prmtop文件

好的,谢谢

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 23:38 , Processed in 0.191404 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list