Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率测试

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-11 15:05:13

硬件：CPU为3950X 16核（降压0.085V，PBO全自动），B450芯片组，双通道DDR4 3200 32GB*2。
系统和软件：Linux Mint Debian Edition 3 (LMDE3 Cindy)，ORCA 4.2.1，OpenMPI 3.1.4；Windwos 10 Pro for Workstations，ORCA 4.2.1，Microsoft MPI 10.1.2。
测试文件：vomilenine的结构优化

16C.inp (2.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

结果一表流：

	cores	time	time / s	spd. vs. 1 core	eff. vs. 1 core	spd. vs. win
orca 4.2.1 openmpi 3.1.4 linux mint debian edition 3	1	2h56min53.3s	10613.3	1.00	100.0%	114.01%
	2	1h28min28.0s	5308.0	2.00	100.0%	120.74%
	4	49min24.4s	2964.4	3.58	89.5%	114.67%
	8	26min4.6s	1564.6	6.78	84.8%	116.79%
	12	18min41.6s	1121.6	9.46	78.9%	123.52%
	16	16min19.6s	979.6	10.83	67.7%	128.99%
	cores	time	time / s	spd. vs. 1 core	eff. vs. 1 core	spd. vs. linux
orca 4.2.1 microsoft mpi 10.1.2 windows 10 pro for workstation	1	3h21min39.9s	12099.9	1.00	100.0%	87.71%
	2	1h46min48.8s	6408.8	1.89	94.4%	82.82%
	4	56min39.3s	3399.3	3.56	89.0%	87.21%
	8	30min27.3s	1827.3	6.62	82.8%	85.62%
	12	23min5.4s	1385.4	8.73	72.8%	80.96%
	16	21min3.6s	1263.6	9.58	59.8%	77.52%

二图流：

可以看出，linux下的ORCA始终强于windows下，但强得不算很过分。某软件win版比linux版慢一半多，用win版简直自取其辱
并行效率随核数增长而下降是非常明显的，如果要计算中小体系的一系列分子，最好是一个任务使用较少核心，然后多开任务。我同时开2个8核测试，分别花了28min13s和28min16s，略比单开8核任务慢，但肯定比用上16核一个接着一个跑明显要快。

日常使用windows的用户要用ORCA的话也没必要折腾虚拟机了。但是之前有群友优化一百多原子体系时，win版的orca报错，不知是不是msmpi的锅，这种情况最好还是用linux版本试一下。

xp47 · 发表于 Post on 2020-3-11 15:18:42

优秀😂 师弟看起来可以在windows下做msdft了哈哈哈哈哈

yygong · 发表于 Post on 2020-3-11 15:25:43

本帖最后由 yygong 于 2020-3-11 15:28 编辑

请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-11 18:52:38

yygong 发表于 2020-3-11 15:25
请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 19&fromuid=4659

天道啊啊 · 发表于 Post on 2020-3-11 18:59:31

问一下你的LINUX是虚拟机还是直接安的系统？我用vmware workstation虚拟机上的ubuntu 19.04，和WIN10教育版 1809对比，采用3950X锁4.0G，差距没你这么大，是因为虚拟机的性能损失？

yygong · 发表于 Post on 2020-3-11 20:43:33

pika02 发表于 2020-3-11 18:52
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=6392&pid=109619&fromuid=4659

非常感谢！

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-12 00:09:40

天道啊啊发表于 2020-3-11 18:59
问一下你的LINUX是虚拟机还是直接安的系统？我用vmware workstation虚拟机上的ubuntu 19.04，和WIN10教育 ...

我直接装物理机上的

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-12 11:43:59

yygong 发表于 2020-3-11 15:25
请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了

4.2.1和4.2基本没差别

monoyu · 发表于 Post on 2020-3-22 21:01:15

你好，看你之前的发的机器配置，msi B450i 的内存是上了32GB×2是吧？看官网上关于主板的规格介绍总内存只支持到32GB？有点疑惑。

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-23 00:07:02

本帖最后由 pika02 于 2020-3-23 00:09 编辑

monoyu 发表于 2020-3-22 21:01
你好，看你之前的发的机器配置，msi B450i 的内存是上了32GB×2是吧？看官网上关于主板的规格介绍总内存只 ...

官网介绍的信息比较旧，卖内存的商人跟我说点不亮包退，我就放心大胆下单了两条32g
你也没必要照着我的配置抄，能上豪华供电的大板还是尽量上

Picardo · 发表于 Post on 2020-3-23 09:18:16

好贴，没用过orca，对速度没有直观的概念。请问这个体系要是到IU上同样的核大概是什么个时间

monoyu · 发表于 Post on 2020-3-23 11:44:48

pika02 发表于 2020-3-23 00:07
官网介绍的信息比较旧，卖内存的商人跟我说点不亮包退，我就放心大胆下单了两条32g
你也没必要照着我的 ...

感谢解疑。

pika02 · 发表于 Post on 2020-3-23 14:42:26

本帖最后由 pika02 于 2020-3-23 14:48 编辑

Picardo 发表于 2020-3-23 09:18
好贴，没用过orca，对速度没有直观的概念。请问这个体系要是到IU上同样的核大概是什么个时间

不同时期的IU也没法比；之前找朋友试了一下2696V2，开12核跑同样任务花了这个时间的约两倍

gozxc · 发表于 Post on 2020-6-10 13:33:38

谢谢楼主，参考一下，win10，ORCA 4.2.1，2667V2，16核，花了36min21sec

monoyu · 发表于 Post on 2020-6-11 11:37:43

感谢楼主。
CPU: 3900X 12核（1.360V，锁全核4.2GHz），B450芯片组，双通道DDR4 2666 16GB*2。
ORCA 4.2.0，Windwos 10 Pro 1903，Microsoft MPI 10。
用时 22min22sec, 供大家参考。

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[配置讨论] Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率测试

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