求助：计算MMPBSA，帧数如何选择

阿志 · 发表于 Post on 2022-8-8 10:10:23

各位老师好，我使用Amber的MMPBSA时，对于帧数的选择有点疑问。
endframe应该就是最后的帧数，但是 startframe 应该选择何时帧数？是从头开始，还是从MD开始，还是挑选RMSD平稳的起始帧数？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-8 10:22:29

因为涉及系综平均的计算，所以应该从体系平衡后开始算。

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-10 07:31:06

配体如果就基本以一种构象一种位置结合到蛋白上，从已平衡的状态开始算，判断方式参考
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

如果配体会在几种典型的构象间变化（做簇分析可以得到），而且你想得到不同构象/位置状态的结合稳定性，可以对不同情况对应的帧分别计算

如果你想刻意考察某个非平衡过程（比如小分子被拉出来的过程）的结合能的动态变化，那就从一开始算（显然最后给出的平均值是没意义的）

lele123 · 发表于 Post on 2024-1-28 20:06:24

本帖最后由 lele123 于 2024-1-28 20:49 编辑

sobereva 发表于 2022-8-10 07:31
配体如果就基本以一种构象一种位置结合到蛋白上，从已平衡的状态开始算，判断方式参考
谈谈怎么判断分子动 ...

请问sob老师，gmx_MMPBSA做能量分解时，选定相互作用的氨基酸是基于哪一帧？

（老师，我简单验算了一下，应该是基于md.xtc的第0帧，即便mmpbsa.in我指定start frame=3000)

如果相比第0帧，小分子位置发生了明显的变化和移动，那如何基于平衡状态或者指定某一帧，做能量分解？

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