求助：关于模拟石墨烯吸附金属离子的的guassian计算SCF一直循环

qooqooli

问题如下：
我要做的模拟石墨烯吸附Fe3+，看文献有用奈-NH2去做模拟石墨烯吸附金属离子的，然后计算（1）金属离子与奈π平面距离以及（2）吸附能来模拟吸附强弱。

我选取的是奈-OH和Fe3+之间作用：
（1）我把Fe3+放在奈分子平面上面，选取奈分子平面中的C和Fe3+连接虚键来构成计算金属离子和奈π平面距离，但是这种情况导致SCF不收敛报错。
（2）于是我把奈分子中的一个C换成N,在奈分子平面中的N和Fe3+连接虚键来构成计算金属离子和奈π平面距离，但是这种情况导致SCF计算一直不断循环，每次计算20几步就又重新开始计算。再这个地方卡了好几天了，跪求大大神们指点一下，谢谢！

输入文本如下：chk=C:\Users\LQ\Desktop\6Nfe.chk
#p opt rb3lyp/genecp em=gd3bj

Title Card Required

3 1
C                 -3.51854200    0.00000000   -0.00034800
C                 -2.79616700   -1.20081600   -0.00029000
C                 -1.40767400   -1.23747400   -0.00014900
C                 -1.40767400    1.23747400   -0.00009500
C                 -2.79616700    1.20081600   -0.00024800
C                 -0.67737200   -2.45606700   -0.00010300
C                  0.71518000    0.00000000    0.00006800
C                  1.40882500   -1.23344600    0.00010300
C                  0.67957800   -2.47980200    0.00001500
C                  2.81423600   -1.20161600    0.00022900
C                  3.52032500    0.00000000    0.00031900
C                  2.81423600    1.20161600    0.00029000
C                  1.40882500    1.23344600    0.00016600
C                  0.67957800    2.47980200    0.00014600
C                 -0.67737200    2.45606700    0.00002000
H                 -1.25786800    3.37020200    0.00000000
H                  1.23227100    3.40978000    0.00023500
H                 -1.25786800   -3.37020200   -0.00017200
H                 -4.60533100    0.00000000   -0.00050200
H                  1.23227100   -3.40978000    0.00004800
H                  4.60910400    0.00000000    0.00040700
O                  3.45449300    2.41099600    0.00037500
H                  4.41121200    2.25805700    0.00049400
O                 -3.43687900   -2.41221200   -0.00038000
H                 -4.39173600   -2.25175900   -0.00044500
O                  3.45449200   -2.41099600    0.00025400
H                  4.41121200   -2.25805800    0.00035900
O                 -3.43687900    2.41221200   -0.00031100
H                 -4.39173600    2.25175900   -0.00022500
N                 -0.67644871    0.00417670   -0.14718713
Fe                -0.82300991   -0.03995032    1.40719514

Fe 0
lanl2dz
****
C H O N 0
6-31G*
****

Fe 0
lanl2dz

thanhtam

首先要把字写对，是Gaussian不是guassian，是萘不是奈。（而且你这也不是萘，是芘）

第一个问题，看http://sobereva.com/61

第二个问题，几何优化本来就是要一遍遍地做SCF直到几何优化收敛的，你这个“不断循环”是正常的。

qooqooli

thanhtam 发表于 2020-7-13 14:36
首先要把字写对，是Gaussian不是guassian，是萘不是奈。（而且你这也不是萘，是芘）

第一个问题，看http ...

谢谢您的回帖，谢谢提醒，不好意思，打错了字，但是我这个分子结构其实很简单，优化分子大概半小时就能算完，但是体系加上Fe3+后，算了一天了，SCF还是一直在循环，请问下这合理吗？你说的那个帖子我看过，我这个体系是一直在循环，不是SCF不收敛，感觉不是很匹配，以前用不含N的体系SCF不收敛，试过几个方法，还是没能解决，小白一个，问题太多。

zjxitcc

qooqooli 发表于 2020-7-13 14:48
谢谢您的回帖，谢谢提醒，不好意思，打错了字，但是我这个分子结构其实很简单，优化分子大概半小时就能算 ...

要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82

另，你这自旋多重度确定是对的而不是xia写的。。。？单重态？

qooqooli

zjxitcc 发表于 2020-7-13 14:52
要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82
...

谢谢您的指点，看了下您发给我的帖子，我这个体系应该用fragment计算，参数如下：
（1）fragment1:Fe3+，总电荷3+，自旋多重度6                                                                                        （2） fragment2: 石墨烯，总电荷0，自旋多重度1 ，您看这样对吗？
                        

qooqooli

zjxitcc 发表于 2020-7-13 14:52
要构建合适的波函数初猜，读sob老师博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》http://sobereva.com/82
...

这是我新写的输入文件，您看下对吗？
%chk=C:\Users\LQ\Desktop\6N-fe.chk
#p opt rb3lyp/genecp guess(fragment=2) em=gd3bj

Title Card Required

3 7 0 1 3 6
C(Fragment=1)     -3.51854200    0.00000000   -0.00034800
C(Fragment=1)     -2.79616700   -1.20081600   -0.00029000
C(Fragment=1)     -1.40767400   -1.23747400   -0.00014900
C(Fragment=1)     -1.40767400    1.23747400   -0.00009500
C(Fragment=1)     -2.79616700    1.20081600   -0.00024800
C(Fragment=1)     -0.67737200   -2.45606700   -0.00010300
C(Fragment=1)      0.71518000    0.00000000    0.00006800
C(Fragment=1)      1.40882500   -1.23344600    0.00010300
C(Fragment=1)      0.67957800   -2.47980200    0.00001500
C(Fragment=1)      2.81423600   -1.20161600    0.00022900
C(Fragment=1)      3.52032500    0.00000000    0.00031900
C(Fragment=1)      2.81423600    1.20161600    0.00029000
C(Fragment=1)      1.40882500    1.23344600    0.00016600
C(Fragment=1)      0.67957800    2.47980200    0.00014600
C(Fragment=1)     -0.67737200    2.45606700    0.00002000
H(Fragment=1)     -1.25786800    3.37020200    0.00000000
H(Fragment=1)      1.23227100    3.40978000    0.00023500
H(Fragment=1)     -1.25786800   -3.37020200   -0.00017200
H(Fragment=1)     -4.60533100    0.00000000   -0.00050200
H(Fragment=1)      1.23227100   -3.40978000    0.00004800
H(Fragment=1)      4.60910400    0.00000000    0.00040700
O(Fragment=1)      3.45449300    2.41099600    0.00037500
H(Fragment=1)      4.41121200    2.25805700    0.00049400
O(Fragment=1)     -3.43687900   -2.41221200   -0.00038000
H(Fragment=1)     -4.39173600   -2.25175900   -0.00044500
O(Fragment=1)      3.45449200   -2.41099600    0.00025400
H(Fragment=1)      4.41121200   -2.25805800    0.00035900
O(Fragment=1)     -3.43687900    2.41221200   -0.00031100
H(Fragment=1)     -4.39173600    2.25175900   -0.00022500
N(Fragment=1)     -0.68463340   -0.01950813   -0.15814154
Fe(Fragment=2)    -0.74323654    0.18149704    1.47065662

Fe 0
lanl2dz
****
C H O N 0
6-31G*
****

Fe 0
lanl2dz

zjxitcc

qooqooli 发表于 2020-7-13 15:44
这是我新写的输入文件，您看下对吗？
%chk=C:%users\LQ\Desktop\6N-fe.chk
#p opt rb3lyp/genecp guess ...

不对。没认真看博文，强烈建议再读至少一遍。

先说说错误：这不是个单重态计算，怎么能写rb3lyp。
再说说不合适的：LANL2DZ精度一般，至少也应该用LANL2DZdp或LANL2TZ(f)。若这两个你不懂在高斯里怎么写，建议你用SDD，省事。

最后说说计算步骤：
Step1.使用片段组合波函数构建初猜
Step2.读取构建好的初猜进行计算，收敛后测试波函数是否稳定
Step3.读取收敛好的波函数，进行结构优化

qooqooli

zjxitcc 发表于 2020-7-13 16:04
不对。没认真看博文，强烈建议再读至少一遍。

先说说错误：这不是个单重态计算，怎么能写rb3lyp。

按照您说的方法第一步的输入文件如下：但是一直报错。很懵逼当中
%chk=C:\Users\LQ\Desktop\6-Fe.chk
#p ub3lyp/6-31g(d) guess(fragment=2)

Title Card Required

3 7 0 1 3 6
C(Fragment=1)     -5.48872521   -4.84829834   -0.00044900
C(Fragment=1)     -4.09587721   -4.84829834   -0.00044900
C(Fragment=1)     -3.38741421   -3.63981334   -0.00044900
C(Fragment=1)     -4.10452721   -2.41520434   -0.00041100
C(Fragment=1)     -5.52366121   -2.42454034   -0.00038100
C(Fragment=1)     -6.20047121   -3.65095834   -0.00048400
C(Fragment=1)     -1.94835921   -3.59773134   -0.00038400
C(Fragment=1)     -3.39574121   -1.16939934   -0.00019200
C(Fragment=1)     -1.97665321   -1.16007634   -0.00015700
C(Fragment=1)     -1.27753521   -2.41859734   -0.00029500
C(Fragment=1)     -1.29981021    0.06641366    0.00000000
C(Fragment=1)     -2.01153321    1.26368466    0.00015100
C(Fragment=1)     -3.40444821    1.26368466    0.00017800
C(Fragment=1)     -4.11287421    0.05524866   -0.00003000
C(Fragment=1)     -5.55196121    0.01311966   -0.00024000
C(Fragment=1)     -6.22277721   -1.16599834   -0.00039500
H(Fragment=1)     -7.32334521   -1.19405234   -0.00091800
H(Fragment=1)     -6.09026821    0.97346766   -0.00015800
H(Fragment=1)     -1.41019621   -4.55813134   -0.00068000
H(Fragment=1)     -6.03294321   -5.80478134   -0.00071200
H(Fragment=1)     -0.17698621   -2.39065234   -0.00058200
H(Fragment=1)     -1.46740821    2.22025166    0.00012600
O(Fragment=1)     -7.63037386   -3.66763642   -0.00097790
H(Fragment=1)     -7.94025271   -4.57624764   -0.00011068
O(Fragment=1)     -3.37965865   -6.08601033   -0.00057117
H(Fragment=1)     -4.00240981   -6.81661330   -0.00002820
O(Fragment=1)     -4.12055148    2.50146336    0.00020139
H(Fragment=1)     -3.49773221    3.23200830    0.00069403
O(Fragment=1)      0.13009199    0.08313817   -0.00004159
H(Fragment=1)      0.43994103    0.99175990    0.00028938
Fe(Fragment=2)    -3.60296838   -0.93093385    1.73305073

zjxitcc

3 7 0 1 3 6有误
先把自旋多重度写对。整体的自旋多重度不是片段的自旋多重度加和。

另，还不如上传gjf文件省事。每次贴得实在是太长了。

qooqooli

zjxitcc 发表于 2020-7-13 16:46
3 7 0 1 3 6有误
先把自旋多重度写对。整体的自旋多重度不是片段的自旋多重度加和。

我看一些帖子，按过渡金属的体系，自旋多重度是不确定的，需要一个一个计算，找出单点能最低的那个，那么用碎片的话 该如何确定？那这个体系自旋多重度如何确定啊？总体的自旋多重度又如何确定啊？很懵逼？

zjxitcc

qooqooli 发表于 2020-7-13 17:01
我看一些帖子，按过渡金属的体系，自旋多重度是不确定的，需要一个一个计算，找出单点能最低的那个，那么 ...

Fe3+有5个单电子，自旋多重度是6。若你底下的有机分子没有单电子（这是我的假设，由你自己判断），那么整体自然也是5个单电子，自旋多重度是6。

“自旋多重度是不确定的”不能这么讲，是先推断出几个常见的自旋多重度，然后都算一下。想知道怎么算，自然是先搞清楚自旋多重度的定义和公式

qooqooli

zjxitcc 发表于 2020-7-13 17:06
Fe3+有5个单电子，自旋多重度是6。若你底下的有机分子没有单电子（这是我的假设，由你自己判断），那么整 ...

嗯嗯，好的，谢谢，我再仔细看下您发的帖子和定义。