加载.pdb有warning:There is a bond of 19.204624 angstroms between

Lemon- · 发表于 Post on 2019-8-11 20:54:43

当我在tleap这一步中加载蛋白质的.pdb时,这里有警告> check AocldChecking 'Aocld'....
WARNING: There is a bond of 19.204624 angstroms between:
------- .R<GLN 210>.A<C 16> and .R<THR 211>.A<N 1>
可是看结构这两个残基本来就离得远,难道有什么规则吗?求解答,谢谢

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-8-12 04:58:56

tleap里面表示两个分子要用ter卡不然默认一个大分子

Lemon- · 发表于 Post on 2019-8-12 08:47:03

wuzhiyi 发表于 2019-8-12 04:58
tleap里面表示两个分子要用ter卡不然默认一个大分子

谢谢回复可是不是蛋白质都在一个分子里面吗?把它和其它小分子用TER隔开.我是这么分的,难道蛋白质也有什么规则要分开吗?谢谢

try · 发表于 Post on 2021-9-17 20:46:54

本帖最后由 try 于 2021-9-17 20:48 编辑

Lemon- 发表于 2019-8-12 08:47
谢谢回复可是不是蛋白质都在一个分子里面吗?把它和其它小分子用TER隔开.我是这么分的,难道蛋白质也有什 ...

您好，请问这个问题您解决了嘛？如果可以的话，可以问一下是怎么解决的嘛？感谢回复~

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[Amber] 加载.pdb有warning:There is a bond of 19.204624 angstroms between

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