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[Amber] 加载.pdb有warning:There is a bond of 19.204624 angstroms between

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发表于 2019-8-11 20:54:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
当我在tleap这一步中加载蛋白质的.pdb时,这里有警告> check AocldChecking 'Aocld'....
WARNING: There is a bond of 19.204624 angstroms between:
-------  .R<GLN 210>.A<C 16> and .R<THR 211>.A<N 1>
可是看结构这两个残基本来就离得远,难道有什么规则吗?求解答,谢谢

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发表于 2019-8-12 04:58:56 | 显示全部楼层
tleap里面表示两个分子要用ter卡 不然默认一个大分子

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 楼主| 发表于 2019-8-12 08:47:03 | 显示全部楼层
wuzhiyi 发表于 2019-8-12 04:58
tleap里面表示两个分子要用ter卡 不然默认一个大分子

谢谢回复 可是不是蛋白质都在一个分子里面吗?把它和其它小分子用TER隔开.我是这么分的,难道蛋白质也有什么规则要分开吗?谢谢
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