求助AMBER模拟原子距离太近问题

hhhnano

在做QM/MM最小化时，出现如下错误，无法启动模拟。
Small interatomic distances encountered:
    54   49 4.54D-01
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /home/xzhfood/gaussian/g16/l202.exe at Fri Jul 31 23:57:56 2020.

在论坛搜索了一下，说是要修改这两个原子之间的距离，但是不知如何修改，特请教大家，非常感谢。

chenjinfeng850

我看了一下你的结构，不像是有问题。没有找到距离特别近的原子。
你确定一下高斯报错的原子对应的是哪两个原子。
检查一下是不是定义QM原子的时候出现了问题

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-1 19:37
我看了一下你的结构，不像是有问题。没有找到距离特别近的原子。
你确定一下高斯报错的原子对应的是哪两个 ...

多谢，我QM区定义为  ：

same residue as (within 4.0 of (index 11))  #index 11为配体中心原子；QM区包括底物1，残基12，15，122，294，295和1个水分子：
qmmask=':1,12,15,122,294,295,8573'，QM区共110个原子。

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-1 22:14
多谢，我QM区定义为  ：

same residue as (within 4.0 of (index 11))  #index 11为配体中心原子；QM ...

检查一下高斯的输入文件，看看是哪两个原子之间的距离过小。可能是sander给QM加link atoms的时候加的位置不对造成的。

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-2 08:32
检查一下高斯的输入文件，看看是哪两个原子之间的距离过小。可能是sander给QM加link atoms的时候加的位置 ...

非常感谢！我看了一下输出文件中的QMMM部分，特别是49号C和54号H原子的坐标，好像是Y坐标距离比较近，不知是否这个问题？如果是，是要修改inpcrd文件对应的坐标吗？还是在VMD里面修改？

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-2 20:15
非常感谢！我看了一下输出文件中的QMMM部分，特别是49号C和54号H原子的坐标，好像是Y坐标距离比较近，不 ...

检查高斯的输入文件(.gjf or .com)，用Gaussian view 看输入文件的结构，一个碳和一个氢原子挨到一起了。应该是你QM区域的选择有问题，导致了在不应该加link atom的地方加了link atom。
解决方法是调整QM区域的选择

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-2 21:04
检查高斯的输入文件(.gjf or .com)，用Gaussian view 看输入文件的结构，一个碳和一个氢原子挨到一起了。 ...

谢谢，我没有单独的QM区gaussian输入文件，是直接通过AMBER调用GAUSSIAN，如果要单独的QM gaussian输入文件，如何在AMBER输入文件中实现调用呢？用gaussiview 打开QM区，没有发现挨到一起的碳原子和氢原子，gaussian可以进行优化计算。

Initial min of our structure QMMM
&cntrl
  imin = 1, maxcyc = 1000, ncyc = 800,
  ntx = 1,
  irest = 0,
  ntb = 0,
  cut = 12.0, ntc = 2, ntf = 2,
  ntpr = 10,
  ntwx = 1,
  ibelly = 1,
  bellymask =':1 < @12.0',
  ifqnt = 1,
&end
&qmmm
qmmask=':1,12,15,122,294,295,8573'
  qmcharge = 0,
  spin = 2,
  qm_theory = 'EXTERN',
  qmshake= 0,
  qm_ewald=0, qm_pme=1,
  qmcut = 12.0,
  writepdb= 1
&end
&gau
executable = 'g16',
method = 'B3LYP',
basis = '6-31G*',
num_threads = 56,
mem = '250GB'
dipole = 1,
use_template = 0,
&end

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-2 22:07
谢谢，我没有单独的QM区gaussian输入文件，是直接通过AMBER调用GAUSSIAN，如果要单独的QM gaussian输入文 ...

不好意思，你检查一下运行目录下面有没有 gau_job***.inp这样的文件，amber调用gaussian首先要生成一个gaussian输入文件才能调用的。

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-3 07:46
不好意思，你检查一下运行目录下面有没有 gau_job***.inp这样的文件，amber调用gaussian首先要生成一个ga ...

谢谢，有gau_job.inp文件，但是gaussianview打不开，显示未知错误。

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-3 09:50
谢谢，有gau_job.inp文件，但是gaussianview打不开，显示未知错误。

你用gausssian view打开的时候选择open as Gaussian input file，或者把这个文件的后缀改成.gjf or .com就能打开了，
你会发现有一个水离QM区域特别远，而且有一个碳和氢离子特别近。

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-3 09:50
谢谢，有gau_job.inp文件，但是gaussianview打不开，显示未知错误。

选择QM区域的时候你可以试试把LYS15去掉试试

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-3 13:47
选择QM区域的时候你可以试试把LYS15去掉试试

非常感谢！LYS是蛋白活性中心的一个残基，不能删除，我在gassview对距离很近的C和氢原子进行了修改，可QM区文件打开看不到原子序号，也就无法找到整个蛋白中对应的氢和碳原子，如何修改整个蛋白中对应C和H的坐标？

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-8-3 15:44
非常感谢！LYS是蛋白活性中心的一个残基，不能删除，我在gassview对距离很近的C和氢原子进行了修改，可QM ...

修改坐标的办法没有意义，因为那个氢原子不存在于蛋白质，是由于AMBER处理QM/MM边界默认添加link atom造成的。每一步优化或者MD都会重新生成这样的结构。如果不从本质解决问题，每跑一步都会出问题。
那你可以选择LYS的一部分，而不是整个残基。
推荐阅读一下Walter Thiel的QM/MM的综述DOI：10.1002/anie.200802019

hhhnano

chenjinfeng850 发表于 2020-8-3 20:55
修改坐标的办法没有意义，因为那个氢原子不存在于蛋白质，是由于AMBER处理QM/MM边界默认添加link atom造 ...

非常感谢，我这就仔细读一下您推荐的文章，再重新选择QM区，从根本上解决问题。

caroline

chenjinfeng850 发表于 2020-8-1 19:37
我看了一下你的结构，不像是有问题。没有找到距离特别近的原子。
你确定一下高斯报错的原子对应的是哪两个 ...

您好，我想请问一下，在有坐标文件和拓扑文件的情况下，怎么看结构呢