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[GROMACS] 含金属的离子生成itp求助

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各位老师好,我想模拟一下H2VO4-、V3O93-这些含有金属钒的离子,利用acpype.py等不能够生成,我该如何得到其itp文件,本人小白请各位老师能够详细指点一下,万分感谢。(我只知道好像可以利用高斯扫描势能面,然后不知道该怎么做)

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发表于 Post on 2020-10-19 23:34:31 | 只看该作者 Only view this author
用UFF,支持周期表里几乎所有元素,下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

但UFF的质量很一般,某些体系可能描述得明显不合理,必要时考虑自己调节参数(对于只是维持结构刚性的目的,对参数精度不敏感)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-10-20 11:04:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-19 23:34
用UFF,支持周期表里几乎所有元素,下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
...

请问老师,一个分子用UFF力场产生的itp,另一个分子用acpype.py产生itp能否混合使用。利用acpype产生的_GMX_OPLS.itp 是基于OPLS力场  _GMX.itp是基于什么力场呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-20 14:43:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-19 23:34
用UFF,支持周期表里几乎所有元素,下文有产生UFF拓扑文件的工具
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
...

老师 我做的就是需要对这些离子和有机分子的作用进行分析,该如何使参数尽可能精确,或者怎么说明UFF力场生成的参数是足够精确的。

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发表于 Post on 2020-10-21 11:39:33 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-10-20 11:04
请问老师,一个分子用UFF力场产生的itp,另一个分子用acpype.py产生itp能否混合使用。利用acpype产生的_G ...

不能混用

acpype默认情况下没后缀的是基于GAFF力场的
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发表于 Post on 2020-10-21 11:40:19 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2020-10-20 14:43
老师 我做的就是需要对这些离子和有机分子的作用进行分析,该如何使参数尽可能精确,或者怎么说明UFF力场 ...

用UFF就注定意味着不可能精确,本来这就是对于没有当前情况下的专一性力场的时候凑合用的力场

衡量精确程度看你具体研究什么问题。诸如对结构的描述精度,就在UFF下优化,和可靠的量子化学级别下优化的结构进行对比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 19:36:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-21 11:40
用UFF就注定意味着不可能精确,本来这就是对于没有当前情况下的专一性力场的时候凑合用的力场

衡量精 ...

谢谢老师
1.我想做的是有机分子和H3VO4分子在水油界面上形成H键的模拟。全部使用UFF力场审稿人是否会挑毛病。
2.还想请教水模型的问题我在http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/网站上生成的itp中[defaults]为 :
; nbfunc      comb-rule      gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
1             2              yes             1.0        1.0
我看GMX自带的charmm力场中forcefield.itp的[defaults]跟UFF生成的一样是否可以直接用charamm力场中的tip3p.itp文件。

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发表于 Post on 2020-10-22 05:29:43 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2020-10-21 19:36
谢谢老师
1.我想做的是有机分子和H3VO4分子在水油界面上形成H键的模拟。全部使用UFF力场审稿人是否会挑 ...

1 很有可能
2 从实际角度来说可以,至少值得试试效果。但毕竟两种力场获得范德华参数的做法不同,不排除审稿人在兼容性上叽叽歪歪的可能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-22 19:38:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sun666 于 2020-10-22 19:53 编辑
sobereva 发表于 2020-10-22 05:29
1 很有可能
2 从实际角度来说可以,至少值得试试效果。但毕竟两种力场获得范德华参数的做法不同,不排除 ...

那想请教老师,既然有被审稿人挑毛病的风险,我想更加精确一些,所以请问老师如何自己拟合H3VO4的适用于opls-aa的力场参数。因为我打算有机物分子用OPLS-AA力场。我可以计算键能和二面角能,但是不知道怎么应用到力场中,请老师指点。

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发表于 Post on 2020-10-24 10:05:58 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2020-10-22 19:38
那想请教老师,既然有被审稿人挑毛病的风险,我想更加精确一些,所以请问老师如何自己拟合H3VO4的适用于o ...

自行拟合,诸如用seminario方法等,然后把参数写到拓扑文件里
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发表于 Post on 2023-3-14 14:31:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-24 10:05
自行拟合,诸如用seminario方法等,然后把参数写到拓扑文件里

老师您好,我想用二价铁离子跟铁蛋白跑gromacs,现在也是在生成铁离子itp文件时出了问题,想和您请教一下

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发表于 Post on 2023-3-14 14:49:54 | 只看该作者 Only view this author
科大小盒 发表于 2023-3-14 14:31
老师您好,我想用二价铁离子跟铁蛋白跑gromacs,现在也是在生成铁离子itp文件时出了问题,想和您请教一下
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http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html
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发表于 Post on 2023-3-14 15:39:53 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-3-14 14:49
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http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

谢谢哥,我研究研究

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