使用packmol构建的堆积较为紧密的盒子，无法进行npt平衡和md模拟，请问该如何解决？

Alan123 · 发表于 Post on 2021-9-6 09:20:56

老师，我在使用packmol构建盒子时，当盒子里面塞的分子较少的时候，模拟可以进行，但是分子会很快聚在一起，盒子有很多部分会空出来，然后我按照实验情况，在盒子中塞入合适数量的分子时，可以进行能量最小化，但是无法进行npt和md模拟，就是算不动了，并且在当前文件夹内产生了很多pdb文件，我觉得应该时mdp文件有问题，但是我不清楚该改什么地方，模拟体系本身是液体，请各位大佬指导下，谢谢。

md.mdp (1.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

minim.mdp (1002 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

npt.mdp (1.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

topol.top (153 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)

em.gro.zip (248.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-6 10:47:30

在当前文件夹内产生了很多pdb文件

出现这种情况，是因为能量最小化不充分，或者盒子不合理。

Alan123 · 发表于 Post on 2021-9-6 10:53:29

本帖最后由 Alan123 于 2021-9-6 11:07 编辑

牧生发表于 2021-9-6 10:47
在当前文件夹内产生了很多pdb文件

出现这种情况，是因为能量最小化不充分，或者盒子不合理。

谢谢您，那我应该如何判断体系的能量最小化是否完全了呢？对于我这个能量最小化的mdp文件，我可以怎么设置，使其最小化能够完全呢？并且我每次能量最小化都会出现这样的提示，这是说明没有完全吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 16:23:29

Alan123 发表于 2021-9-6 10:53
谢谢您，那我应该如何判断体系的能量最小化是否完全了呢？对于我这个能量最小化的mdp文件，我可以怎么设 ...

要么初始结构严重不合理（概率不大，毕竟packmol产生的结构不会有过近接触），要么拓扑文件里的信息不合理（可能性最大，导致势函数完全错误）

对于此类情况，把被研究的体系、设置尽可能简化，反复检查拓扑文件，反复测试找原因

Alan123 · 发表于 Post on 2021-9-6 23:20:46

sobereva 发表于 2021-9-6 16:23
要么初始结构严重不合理（概率不大，毕竟packmol产生的结构不会有过近接触），要么拓扑文件里的信息不合 ...

老师，我不太理解什么是拓扑文件里的信息不合理，是我的.top写的不合理吗？但是如果分子数量少的时候，是可以模拟的呀。有哪些可能的不合理的拓扑信息，老师您能给我举个例子吗？我不太清楚应该改什么地方

，谢谢老师了

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-7 01:03:24

Alan123 发表于 2021-9-6 23:20
老师，我不太理解什么是拓扑文件里的信息不合理，是我的.top写的不合理吗？但是如果分子数量少的时候，是 ...

诸如缺少一些重要的成键项，某些参数搞错了或者不合理，拓扑文件里的原子顺序和结构文件里不符，等等

Alan123 · 发表于 Post on 2021-9-7 10:01:46

sobereva 发表于 2021-9-7 01:03
诸如缺少一些重要的成键项，某些参数搞错了或者不合理，拓扑文件里的原子顺序和结构文件里不符，等等

老师，我在能量最小化的过程中，部分分子跑出了盒子，请问这个会是导致下一步的模拟无法进行的原因吗？模拟条件是周期性体系，那么分子跑出盒子是不是对下一步的模拟是没有影响的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-8 03:36:03

Alan123 发表于 2021-9-7 10:01
老师，我在能量最小化的过程中，部分分子跑出了盒子，请问这个会是导致下一步的模拟无法进行的原因吗？模 ...

跟这个没关系
mdrun产生的gro文件会默认保留分子的完整性，自然可能有原子露在外面。搞懂什么叫PBC

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[GROMACS] 使用packmol构建的堆积较为紧密的盒子，无法进行npt平衡和md模拟，请问该如何解决？

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