求助，在做MMPBSA的时候，结合能从0ns到10ns，选取多少帧的数据较好，结果如下图

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-7 10:34:40

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-7 10:35:32

每帧差距还是有的，到底选哪一个误差会小一点

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-10-7 13:21:01

严格来说的话时间要足够长，让体系采样到各种状态为好

但是MM-PBSA只是一个非常近似的方法，其结果作为“打分函数”来理解更加合适，所以不必过于纠结具体的时间，只要在比较不同体系时保证模拟时间一致即可

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-7 14:50:53

fhh2626 发表于 2020-10-7 13:21
严格来说的话时间要足够长，让体系采样到各种状态为好

但是MM-PBSA只是一个非常近似的方法，其结果作为 ...

谢谢回复，想问下MMPBSA的值取多少合适，我需要一个取值来做定量分析

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-7 15:24:31

计算小菜鸡发表于 2020-10-7 14:50
谢谢回复，想问下MMPBSA的值取多少合适，我需要一个取值来做定量分析

这种东西特别难找到一个”合适“的数值。总得来说长比短好，越长越好。最好还是找文章里相似体系的实践直接抄作业，这样也显得有理有据一点。

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-7 17:30:11

fhh2626 发表于 2020-10-7 13:21
严格来说的话时间要足够长，让体系采样到各种状态为好

但是MM-PBSA只是一个非常近似的方法，其结果作为 ...

我想问下，用Amber跑出来的MMPBSA选取的是多少，或者g_mmpbsa跑出来的都是一个值，那是选取的多少？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-7 23:08:29

不要盲目问“值取多少合适”，应当先从原理上弄清楚什么影响了结果。先仔细分析一下轨迹、蛋白与配体结合情况。倘若体系已达平衡、结合稳定，配体构象、所在环境波动不大，结合能的结果应当随考虑的时间长度增加很快就能收敛，而不至于随着考虑的轨迹时间延长而出现严重波动。

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