VMD分析产物信息是否要添加周期条件

anrushan

各位老师好，我在学习tcl脚本时使用向量方法计算判定产物生成，遇到了几个问题：1）在分析XYZ轨迹前是否添加周期盒子来分析产物信息，不添加周期盒子用tcl脚本算出来的产物信息有可信度吗？2）如果添加周期盒子那tcl语句该如何表达，利用矢量计算能否添加周期性。
3）除了index之外有没有自动识别元素的语句，用index编号要用的语句很麻烦，脚本篇符会很大？
请各位老师解答。

sobereva

“用向量方法计算判定产物生成”不知道你具体指什么

1 看不出你为什么要添加盒子。如果你是指盒子会把产物分子截断有碍根据键连关系进行判断，必要时候需要提供盒子信息，以便自己在脚本中恰当考虑周期性

2 不知道你说的矢量计算指什么

3 VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

anrushan

sobereva 发表于 2021-4-7 00:54
“用向量方法计算判定产物生成”不知道你具体指什么

1 看不出你为什么要添加盒子。如果你是指盒子会把产 ...

卢老师您好，我又改进了一下思路，使用set c [atomslecet top "element  C"]来选择元素，使用set c1 [lindex $c 0]在选定特质的元素，那么利用循环是否能吧 “element C”中的c元素全部选中，以上的语法合理吗？但是还是不明白该如何在脚本内考虑周期性https://www.ks.uiuc.edu/Research ... st/vmd-l/27057.html中的内容有些乱码，我脚本内的语句如下
set VE[vecsub $c1 $o1]
set DIS [veclength $VE]
来计算原子间的距离判别产物的，请问卢老师该怎么在脚本中考虑周期条件呢？

sobereva

anrushan 发表于 2021-4-7 15:34
卢老师您好，我又改进了一下思路，使用set c [atomslecet top "element  C"]来选择元素，使用set c1 [lin ...

看不懂你选择元素的做法到底是什么意思，也不知道你到底想选择什么

VMD脚本中考虑周期边界条件的情况下计算原子间最近距离前阵子我在本版块回复过，你可以翻翻

anrushan

sobereva 发表于 2021-4-8 01:26
看不懂你选择元素的做法到底是什么意思，也不知道你到底想选择什么

VMD脚本中考虑周期边界条件的情况 ...

卢老师您好，我发现vmd中的显示如果没有使用pbc wrap语句的时候他的显示是不包含周期条件的轨迹，那这个轨迹（没有用 pbc wrap）在进行tcl脚本分析原子间的距离的时候是否可以不考虑周期性条件呢？
如果tcl脚本考虑了周期性条件计算原子间距离来判断是否成键会造成很大的错误，不知道我这么想是否正确呢？

sobereva

anrushan 发表于 2021-5-27 19:00
卢老师您好，我发现vmd中的显示如果没有使用pbc wrap语句的时候他的显示是不包含周期条件的轨迹，那这个 ...

如果轨迹没有考虑PBC，而且脚本里计算距离的时候也没利用盒子信息获得最近距离，那么分析结果就和你在图形窗口里看到的完全一样，你若觉得这样符合实际情况就这么用

fineren

我也做相似工作，我觉得周期性体系肯定要考虑PBC，不然原子跑到老远的地方，不可能生成新产物。楼主有写好的吗？我给你提供一个lammps里的脚本做参考，你写好的话能否分享一下？让我借鉴一下。

anrushan

fineren 发表于 2021-5-28 19:57
我也做相似工作，我觉得周期性体系肯定要考虑PBC，不然原子跑到老远的地方，不可能生成新产物。楼主有写好 ...

你好，我也认为的确需要做周期性的分析，还没有写好，大概的判断距离的思路我想是卢老师说的这个链接里的语句，五楼的应该是正确的http://bbs.keinsci.com/thread-22114-1-1.html。