molclus寻找铝团簇构象时中途停止怎么解决

Zhangzhihe · 发表于 Post on 2020-10-27 21:53:07

本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-10-27 21:59 编辑

各位老师好，我在用molclus做铝13团簇构象搜索的时候，超算计算总是突然停止，如图所示，相应的参数设置是按照sob老师Li原子用过来的（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html），精度我都已经降到3-21G了，还是会突然终止，而且没有报错文件，请求各位老师指点指点行人小白。

Zhangzhihe · 发表于 Post on 2020-10-27 21:54:05

isomers.xyz文件显示是0，空文件

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-28 08:55:51

此类问题我的一般性回复：

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子

建议你手动调用Gaussian计算molclus产生的gau.gjf，如果也是中途中断，毫无疑问Gaussian本身在当前机子上运行就不正常，仔细看上面的文字，必要时咨询管理员。当前你的settings.ini文件设置并没任何问题。

由于一个体系都没算成功，所以isomers.xyz里自然是空的。

Zhangzhihe · 发表于 Post on 2020-10-29 21:07:51

sobereva 发表于 2020-10-28 08:55
此类问题我的一般性回复：

建议你手动调用Gaussian计算molclus产生的gau.gjf，如果也是中途中断，毫无疑 ...

sob老师，我按照您说的在本地进行Gaussian计算了，果不其然，是收敛失败了。我想请问下，之前我再做六个铝原子团簇的时候，成功的找到了优化的构型，但是现在在做13个铝原子的时候，就频繁的出错终止。我个人猜测：1.是我方法选择有问题，但是我的精度已经降下来了，2.是初始构象中13个铝原子过于分散，不利于优化。在用VMD查看genmer生成的初始构象时，也确实发现比较散。请问我接下来是应该先在大量的genmer构型里找到差不多的构型再进行molclus优化呢

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-31 09:45:47

Zhangzhihe 发表于 2020-10-29 21:07
sob老师，我按照您说的在本地进行Gaussian计算了，果不其然，是收敛失败了。我想请问下，之前我再做六个 ...

记得把genmer.ini里原子半径改成共价半径，甭用范德华半径
最好先用molclus调用xtb做预优化，之后再用DFT

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