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[辅助/分析程序] 做oniom用TAO,初始进入TAO的PDB应该是跑完动力学的吗?

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在做oniom时,第一步是把pdb生成gjf,此时的pdb应该是tleap结束后保存的溶剂化的pdb还是跑完动力学equ之后的pdb呢?请大家指教!谢谢!

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发表于 Post on 2020-6-20 19:06:21 | 只看该作者 Only view this author
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实,显然应当用MD后的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-22 11:35:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-20 19:06
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实,显 ...

谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2020-10-26 19:49:04 | 只看该作者 Only view this author
生物大分子-配体用部分用GaussView准备,其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷,小分子部分用AmberTools生成GAFF力场,将原子类型、电荷复制进去,再将力场参数复制过去,用AMBER=HARDFIRST从Gaussian输入的末尾读进去就可以。具体操作见《探索化学的奥秘:电子结构方法》第三版第399页第9章。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-30 21:05:17 | 只看该作者 Only view this author
gkxiao 发表于 2020-10-26 19:49
生物大分子-配体用部分用GaussView准备,其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷,小分子部 ...

太感谢了!!

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