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[辅助/分析程序] 做oniom用TAO,初始进入TAO的PDB应该是跑完动力学的吗?

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发表于 2020-6-20 09:31:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
在做oniom时,第一步是把pdb生成gjf,此时的pdb应该是tleap结束后保存的溶剂化的pdb还是跑完动力学equ之后的pdb呢?请大家指教!谢谢!

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发表于 2020-6-20 19:06:21 | 显示全部楼层
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实,显然应当用MD后的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
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 楼主| 发表于 2020-6-22 11:35:39 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-6-20 19:06
你这个问题和TAO并没有体现出直接关系
tleap一开始加的溶剂分子的排布肯定没有跑过MD之后那么接近真实,显 ...

谢谢卢老师!

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发表于 2020-10-26 19:49:04 | 显示全部楼层
生物大分子-配体用部分用GaussView准备,其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷,小分子部分用AmberTools生成GAFF力场,将原子类型、电荷复制进去,再将力场参数复制过去,用AMBER=HARDFIRST从Gaussian输入的末尾读进去就可以。具体操作见《探索化学的奥秘:电子结构方法》第三版第399页第9章。

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 楼主| 发表于 2020-10-30 21:05:17 | 显示全部楼层
gkxiao 发表于 2020-10-26 19:49
生物大分子-配体用部分用GaussView准备,其中生物大分子GaussView会正确生成AMBER原子类型与电荷,小分子部 ...

太感谢了!!
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