（已解决）求助：ORCA在超算安装完成后，只能在命令行界面运行而无法提交运行

北大-陶豫

如题，我在北京大学的教学二号服务器上安装好了 openmpi-3.1.4 和 orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314，都是从 http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html 下载来的。
然后我按照 http://sobereva.com/451 说的方法安装完成了，然后在命令行中敲：

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

输入文件 test.inp 内容如下：

! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1
C                  0.00000000    0.00000000   -0.56221066
H                  0.00000000   -0.92444767   -1.10110537
H                 -0.00000000    0.92444767   -1.10110537
O                  0.00000000    0.00000000    0.69618930
*


计算可以正常结束。但如果我用脚本提交：

#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -c 4
#SBATCH -J test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp


则无法正常结束。文件末尾出错提示如下：

                       ****************************
                       * Single Point Calculation *
                       ****************************

---------------------------------
CARTESIAN COORDINATES (ANGSTROEM)
---------------------------------
  C      0.000000    0.000000   -0.562211
  H      0.000000   -0.924448   -1.101105
  H     -0.000000    0.924448   -1.101105
  O      0.000000    0.000000    0.696189

----------------------------
CARTESIAN COORDINATES (A.U.)
----------------------------
  NO LB      ZA    FRAG     MASS         X           Y           Z
   0 C     6.0000    0    12.011    0.000000    0.000000   -1.062424
   1 H     1.0000    0     1.008    0.000000   -1.746953   -2.080788
   2 H     1.0000    0     1.008   -0.000000    1.746953   -2.080788
   3 O     8.0000    0    15.999    0.000000    0.000000    1.315607


ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.int.tmp /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run


我的 .bashrc 文件内容如下：

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=

# User specific aliases and functions

module use ~/.modulefiles
#module add intel/2017.1
#module load anaconda/3.5.1
module load gaussian09

export PATH="/nfs-share/home/MyStudID/FreqScript:$PATH"

# ORCA-related terms must appear AFTER gaussian-related terms and I don't know why. See: http://bbs.keinsci.com/thread-20822-1-1.html
# openmpi
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/lib
# ORCA
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
alias orca=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca


.bashrc 中 ORCA、openmpi 相关的内容我都试过路径加到 $PATH 前面、后面两种写法，但似乎全部不管用。
其它可能有用的信息：

[MyStudID@login01 ORCA]$ qstat --version
Unknown option: version
Usage:
    qstat [-f] [-a|-i|-r] [-n [-1]] [-G|-M] [-u *user_list*] [-? | --help]
    [--man] [*job_id*...]

    qstat -Q [-f]

    qstat -q

[MyStudID@login01 ORCA]$ which mpiexec
/usr/bin/mpiexec
[MyStudID@login01 ORCA]$ which mpirun
~/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin/mpirun
[MyStudID@login01 ORCA]$


请问应该如何解决，谢谢！

Freeman

这个貌似不是ORCA和mpi的问题，而是slurm脚本的问题。你把#SBATCH -c 4改成#SBATCH --ntasks=4试试看？

plus

试试2.1.6版本

北大-陶豫

plus 发表于 2020-12-17 17:00
试试2.1.6版本

请问是指 openmpi 的版本吗

plus

北大-陶豫 发表于 2020-12-17 17:03
请问是指 openmpi 的版本吗

openmpi+orca对应的版本

北大-陶豫

plus 发表于 2020-12-17 17:05
openmpi+orca对应的版本

我在 http://bbs.keinsci.com/thread-6392-1-1.html 给的链接看了一下，
ORCA 4.0.1 对应的 openmpi 版本是 2.0.2，ORCA 4.1 对应的 openmpi 版本是 3.1.3，请问 2.1.6 版本是怎么回事啊

abin

把相关设定写在pbs中。

北大-陶豫

abin 发表于 2020-12-17 17:09
把相关设定写在pbs中。

没太明白您说的 pbs 是指什么。
我们系统上提交都用 sbatch 命令。例如：
sbatch submit.sh

我已经把 submit.sh 的内容贴在了一楼。
我刚刚试了一下，写了个 test.pbs，内容如下：

#!/usr/bin/env bash
#PBS -N test
#PBS -o test.out
#PBS -e test.err
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -r y

/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp


结果：


[MyStudID@login01 ORCA]$ qsub test.pbs
There was an error running the Slurm sbatch command.
The command was:
'/usr/bin/sbatch -e test.pbs.e%A -o test.pbs.o%A test.pbs 2>&1'
and the output was:
'sbatch: error: Batch job submission failed: No partition specified or system default partition
'

abin

把相关设定写在脚本里面。

无论是，slurm，openpbs，以及IBM的lsf，
基本的逻辑不都是一个吗？
对于普通用户而言，这玩意不就是PBS吗？

就如同街上那么多车，各种品牌，各种类型，
在某种意义上说，不都是车吗？

北大-陶豫

abin 发表于 2020-12-17 18:25
把相关设定写在脚本里面。

无论是，slurm，openpbs，以及IBM的lsf，

不好意思，我还没明白，相关设定是指哪些？是 $PATH 那些吗

abin

北大-陶豫 发表于 2020-12-17 18:41
不好意思，我还没明白，相关设定是指哪些？是 $PATH 那些吗

Anything that can enable the APP for you.

In most cases, slurm / openpbs will not load any configurations from user's bashrc file.

北大-陶豫

abin 发表于 2020-12-17 19:04
Anything that can enable the APP for you.

In most cases, slurm / openpbs will not load any conf ...

#!/usr/bin/env bash
谢谢，我把 submit.sh 的内容改成了以下内容，但似乎仍然出现一样的错误：

#SBATCH -c 4
#SBATCH -J test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

#source ~/.bashrc

# openmpi
export PATH=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/openmpi-3.1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# ORCA
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314
alias orca=/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca

# execute
/nfs-share/home/MyStudID/ORCA-Install/orca_4_2_1_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca /nfs-share/home/MyStudID/ORCA/test.inp

abin

北大-陶豫 发表于 2020-12-17 21:03
#!/usr/bin/env bash
谢谢，我把 submit.sh 的内容改成了以下内容，但似乎仍然出现一样的错误：

orca部分设定是错误的。

参考orca manuals修改吧。
手册中未提及的内容，
不要自己额外设定。

你们管理员给的示例脚本似乎都抄错了。

hanshan

同一个版本的orca对应几种版本的openmpi

北大-陶豫

我已经找我助教帮忙看了，他也觉得挺头大的，就不麻烦大家啦，谢谢！