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[Amber] 求助Amber 参数化蛋白原子连接异常问题

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本帖最后由 hhhnano 于 2020-11-8 21:14 编辑

我用amber生成了top  和 inpcrd 文件,用VMD检查结构,发现269号HIE残疾中,与269号C原子相连的一个H横穿N原子,如何修改?非常感谢。


Screenshot from 2020-11-07 22-23-13.png (151.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

VMD图

VMD图

inpcrd-top.rar

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发表于 Post on 2020-11-8 18:42:06 | 只看该作者 Only view this author
tleap 中用先用deleteBond 把这两个键删除,然后用bond把氢和另外的氮连上。
具体查阅AMBER20 Manual 13.6
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发表于 Post on 2020-11-8 18:43:59 | 只看该作者 Only view this author
以后上传inpcrd、top等文本型文件前先压缩,以显著节约论坛空间、降低他人下载的耗时
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 21:15:45 | 只看该作者 Only view this author
感谢chenjinfeng850的指导,马上去试验一下。
文件已经压缩上传,下不为例。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 22:54:16 | 只看该作者 Only view this author
我仔细看了一下,不是原子连接错误,是269号上的H方向有问题,用TOP和RST文件在VMD中打开后出现这个问题,将这个文件保存为PDB后,用VMD打开,
发现269号上的H方向是对的,我不知道这种结果是否有问题?

Screenshot from 2020-11-08 09-45-08.png (9.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

PDB文件

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Screenshot from 2020-11-08 09-46-39.png (9.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

TOP和RST打开

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发表于 Post on 2020-11-9 07:42:34 | 只看该作者 Only view this author
有问题的,还是要把top结构改过来
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