怎样判断跑出的黏度是否可用？

二饼妹

分别在298K和303K下各跑三次氯化胆碱+甘油的黏度，盒子为6*6*6，分子数为200：400，cos-acceleration=0.04，NPT下跑了10ns，结果如下，误差均在20%以内，请问这样跑三次的结果重现性是正常的么，数据可用么？

k64_cc

NEMD的话建议平衡后NVT，不然z轴长度不固定，x方向加速度也不确定，道理上就说不通。
thermostat用的啥？

二饼妹

k64_cc 发表于 2021-1-24 01:18
NEMD的话建议平衡后NVT，不然z轴长度不固定，x方向加速度也不确定，道理上就说不通。
thermostat用的啥？
...

这是我的mdp文件：
define =
integrator = md
dt         = 0.001
nsteps     = 10000000
comm-grps  = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.04
;
nstxout = 500
nstvout = 500
nstfout = 500
nstlog  = 500
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.6
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.6
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 1.0
tc_grps = system
ref_t   = 303.15
;
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 303.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds
您的意思是先NPT再NVT，另外请问NPT和NVT中都要加cos-acceleration，还是只有NVT加即可？

k64_cc

二饼妹 发表于 2021-1-24 13:04
这是我的mdp文件：
define =
integrator = md

NVT加cosine acceleration，NPT不加。
你可以把1/v画出来看一看模拟到多久会收敛。10 ns轨迹感觉有些过多。

有机物混合体系还要考虑盒子里是否均匀，没有均一混合也不能保证得到一样的结果。你给出来的重现性……不是很稳定啊，要不要平行做8-10组再讨论平均值的统计误差？

二饼妹

k64_cc 发表于 2021-1-24 16:46
NVT加cosine acceleration，NPT不加。
你可以把1/v画出来看一看模拟到多久会收敛。10 ns轨迹感觉有些过 ...

1/v的图像如下，怎么看多久会收敛呀？一般NPT和NVT跑多久呢？（我跑过10~20ns，只有10ns结果比较接近）
另外怎么看混合体系的盒子里是否均匀啊？谢谢！

k64_cc

二饼妹 发表于 2021-1-24 20:08
1/v的图像如下，怎么看多久会收敛呀？一般NPT和NVT跑多久呢？（我跑过10~20ns，只有10ns结果比较接近）
...

这玩意你跑到10ns真没必要……

高温采样-正常温度平衡-NEMD模拟5ns。这个流程做5-8次，然后算viscosity的均值和统计误差，应该就差不多了。

二饼妹

k64_cc 发表于 2021-1-26 12:41
这玩意你跑到10ns真没必要……

高温采样-正常温度平衡-NEMD模拟5ns。这个流程做5-8次，然后算viscosit ...

谢谢，那NPT这一步要跑多久呢？高温采样是什么意思呀

k64_cc

二饼妹 发表于 2021-1-26 13:31
谢谢，那NPT这一步要跑多久呢？高温采样是什么意思呀

NPT……你随便？反正是平衡体积用的，平衡了就行呗。

高温下跑NVT，让粒子加速混合，有助于拿到更均匀的构象。

MSxinshou

你好 我是一个新手小白，麻烦问您一下，您的黏度是如何计算的呀？

Lacrimosa

MSxinshou 发表于 2022-2-10 12:35
你好 我是一个新手小白，麻烦问您一下，您的黏度是如何计算的呀？

在体系平衡后跑在mdp文件里加上cos-acceleration = 0.04，跑NVT，然后用gmx energy计算粘度。 原理上盒子z方向越长，cos-acceleration设置的越小越准确，你可以结合自己的体系测试一下

Sui1999

二饼妹 发表于 2021-1-24 20:08
1/v的图像如下，怎么看多久会收敛呀？一般NPT和NVT跑多久呢？（我跑过10~20ns，只有10ns结果比较接近）
...

你好我想问一下1/Viscosity算出来结果里负数的话，结果还可信吗