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[Gaussian/gview] freq中断后,我又续算,但又在相同的地方停了,是什么原因呢?

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第一次在这里中断了:
AX will form    45 AO Fock derivatives at one time.
    357 vectors produced by pass  1 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.76D+01 1.10D+00.
    357 vectors produced by pass  2 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.44D-01 8.81D-02.
    356 vectors produced by pass  3 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 5.45D-03 5.76D-03.
    354 vectors produced by pass  4 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.29D-05 3.90D-04.
    354 vectors produced by pass  5 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.50D-07 2.23D-05.
    349 vectors produced by pass  6 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.09D-10 1.03D-06.
    326 vectors produced by pass  7 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.89D-12 6.24D-08.
    303 vectors produced by pass  8 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.34D-13 1.32D-08.
    296 vectors produced by pass  9 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.17D-13 1.16D-08.
    292 vectors produced by pass 10 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.33D-13 1.11D-08.
    289 vectors produced by pass 11 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.00D-13 9.14D-09.
    273 vectors produced by pass 12 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.42D-13 1.14D-08.
    270 vectors produced by pass 13 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.57D-13 8.50D-09.
    267 vectors produced by pass 14 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.43D-13 8.10D-09.
    257 vectors produced by pass 15 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.16D-13 7.80D-09.
    248 vectors produced by pass 16 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.15D-13 6.46D-09.
    242 vectors produced by pass 17 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.17D-13 6.09D-09.
    231 vectors produced by pass 18 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.07D-13 7.07D-09.
    204 vectors produced by pass 19 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.61D-14 6.37D-09.
    189 vectors produced by pass 20 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.87D-14 4.79D-09.
    169 vectors produced by pass 21 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.99D-14 4.20D-09.
    149 vectors produced by pass 22 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.56D-14 3.99D-09.
    142 vectors produced by pass 23 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 3.15D-14 3.66D-09.
    121 vectors produced by pass 24 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.84D-14 3.26D-09.
    101 vectors produced by pass 25 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.16D-14 3.17D-09.
     92 vectors produced by pass 26 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.52D-14 3.43D-09.
     85 vectors produced by pass 27 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.01D-14 2.92D-09.
     81 vectors produced by pass 28 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.03D-14 2.76D-09.
     74 vectors produced by pass 29 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.87D-14 2.63D-09.
     64 vectors produced by pass 30 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.64D-14 2.34D-09.
     58 vectors produced by pass 31 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.83D-14 2.55D-09.
     52 vectors produced by pass 32 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.75D-14 2.49D-09.
     42 vectors produced by pass 33 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.39D-14 3.26D-09.
     36 vectors produced by pass 34 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.75D-14 2.57D-09.
     30 vectors produced by pass 35 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.72D-14 2.69D-09.
     21 vectors produced by pass 36 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.01D-14 2.12D-09.
     21 vectors produced by pass 37 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.26D-14 1.98D-09.
     19 vectors produced by pass 38 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.03D-14 1.73D-09.
     19 vectors produced by pass 39 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.96D-14 2.56D-09.
     19 vectors produced by pass 40 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.47D-14 2.13D-09.
     19 vectors produced by pass 41 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.50D-14 2.60D-09.
     19 vectors produced by pass 42 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.26D-14 1.98D-09.
     19 vectors produced by pass 43 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.79D-14 2.39D-09.
     19 vectors produced by pass 44 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.09D-14 2.24D-09.
     17 vectors produced by pass 45 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.66D-15 1.66D-09.
     17 vectors produced by pass 46 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.23D-14 2.02D-09.
     17 vectors produced by pass 47 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 2.06D-14 2.68D-09.
     16 vectors produced by pass 48 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.43D-15 1.58D-09.
     16 vectors produced by pass 49 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.28D-14 2.48D-09.
     16 vectors produced by pass 50 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.12D-14 2.03D-09.
     16 vectors produced by pass 51 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.36D-14 2.32D-09.
     16 vectors produced by pass 52 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.04D-14 2.04D-09.
     16 vectors produced by pass 53 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.18D-14 2.32D-09.
     16 vectors produced by pass 54 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.11D-14 1.93D-09.
     16 vectors produced by pass 55 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.05D-14 2.00D-09.
     11 vectors produced by pass 56 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.59D-15 1.70D-09.
     11 vectors produced by pass 57 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.42D-14 2.25D-09.
     11 vectors produced by pass 58 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.93D-15 1.74D-09.
     11 vectors produced by pass 59 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.91D-15 1.79D-09.
     11 vectors produced by pass 60 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.95D-15 1.71D-09.
     11 vectors produced by pass 61 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.54D-14 2.51D-09.
      8 vectors produced by pass 62 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.44D-15 1.53D-09.
      8 vectors produced by pass 63 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.90D-15 1.72D-09.
      8 vectors produced by pass 64 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.33D-14 2.20D-09.
      8 vectors produced by pass 65 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.30D-14 2.27D-09.
      8 vectors produced by pass 66 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.49D-15 1.63D-09.
      8 vectors produced by pass 67 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.39D-14 2.47D-09.
      8 vectors produced by pass 68 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.44D-14 2.11D-09.
      8 vectors produced by pass 69 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.11D-14 2.02D-09.
      8 vectors produced by pass 70 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.12D-14 2.00D-09.
      8 vectors produced by pass 71 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.32D-15 1.73D-09.
      8 vectors produced by pass 72 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 9.23D-15 2.01D-09.
      7 vectors produced by pass 73 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 4.92D-15 1.57D-09.
      7 vectors produced by pass 74 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.09D-14 2.13D-09.
      7 vectors produced by pass 75 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.73D-15 1.67D-09.
      7 vectors produced by pass 76 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 6.90D-15 1.49D-09.
      7 vectors produced by pass 77 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.34D-14 2.34D-09.
      7 vectors produced by pass 78 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.13D-14 1.99D-09.
      7 vectors produced by pass 79 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 9.23D-15 1.90D-09.
      7 vectors produced by pass 80 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.41D-15 1.74D-09.
      7 vectors produced by pass 81 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 8.95D-15 2.06D-09.
      7 vectors produced by pass 82 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 1.13D-14 2.03D-09.
      5 vectors produced by pass 83 Test12= 2.61D-13 1.00D-09 XBig12= 7.85D-15 1.83D-09.
Applied DIIS recursively to reduced A of dimension  8050.
然后我续算,又在这里断了:
Skip MakeAB in pass 1 during restart.
          There are   357 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
Restart CPHF post-processing.
Applied DIIS recursively to reduced A of dimension  8050.
大家知道是什么原因么?

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发表于 Post on 2021-1-1 23:56:02 | 只看该作者 Only view this author
最好上传输入文件

可尝试其它版本或其它平台的Gaussian,也可以尝试修改并行核数和内存分配量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 07:55:59 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师。我修改了并行核数和内存之后,还是在同样的地方终止。
下面的是我的原始输入文件:
  1. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  2. %mem=8GB
  3. %nprocshared=20
  4. #p M062X/6-31+g(d,p) Opt Freq

  5. CHQ-QT

  6. 0 1
  7. Cl                 0.08123265    2.80015032   -2.65145680
  8. O                 -0.08782319   -0.07353858    0.67681834
  9. N                 -0.70122553   -3.51949092    1.92890958
  10. N                  0.09387934   -4.00313120   -2.31616497
  11. N                  2.95283854   -1.10791375   -1.17691828
  12. C                 -0.22378662   -5.44457687   -0.31993117
  13. C                 -1.60474244   -4.90553130    0.05576349
  14. C                  0.07315397   -5.37944680   -1.82771352
  15. C                 -1.69616810   -4.51316236    1.53131030
  16. C                 -1.00992965   -2.19282374    1.41167097
  17. C                 -0.93156219   -6.16754822   -2.66160151
  18. C                 -0.51040063   -3.51753635    3.38032907
  19. C                  1.00552925   -3.06601210   -1.90988631
  20. C                  0.22655807   -1.30408657    1.30368565
  21. C                  0.40725759   -4.64137993    3.84856382
  22. C                  0.74815869   -1.66273204   -2.11069257
  23. C                  2.21600031   -3.40811925   -1.32134690
  24. C                  1.76305554   -0.74082833   -1.73310655
  25. C                 -0.46438451   -1.15540907   -2.64257359
  26. C                  3.13569452   -2.39559819   -0.98815372
  27. C                  1.54580254    0.64885785   -1.92087862
  28. C                 -0.66553911    0.19255671   -2.80573879
  29. C                  0.36071266    1.08935949   -2.44047244
  30. H                  0.52715205   -4.85540645    0.21768608
  31. H                 -0.11987123   -6.48444445    0.01713244
  32. H                 -1.84174957   -4.03402378   -0.56785489
  33. H                 -2.38599360   -5.64756877   -0.14812904
  34. H                  1.06723583   -5.80729721   -2.00704404
  35. H                 -2.71946359   -4.15860294    1.76229924
  36. H                 -1.53168029   -5.41121831    2.13700112
  37. H                 -0.78891228   -3.65657750   -2.65789184
  38. H                 -1.78962830   -1.69071547    2.02181370
  39. H                 -1.41215933   -2.28192185    0.39729704
  40. H                 -1.93652963   -5.73836101   -2.57492726
  41. H                 -0.64638171   -6.16589036   -3.71674353
  42. H                 -0.98204743   -7.20272322   -2.31365809
  43. H                 -1.48613920   -3.57170817    3.90037191
  44. H                 -0.06221442   -2.56192513    3.66609392
  45. H                  0.69430334   -1.13546375    2.28305748
  46. H                  0.96562358   -1.79935058    0.66792850
  47. H                  0.00747392   -5.62822589    3.59905430
  48. H                  1.38662942   -4.54372988    3.37245978
  49. H                  0.53772420   -4.60191336    4.93400174
  50. H                  2.47558213   -4.44020485   -1.12062143
  51. H                 -1.27074258   -1.82263295   -2.93334961
  52. H                  4.08389107   -2.68321740   -0.53620252
  53. H                  2.33194965    1.33212794   -1.62101998
  54. H                 -1.59668037    0.57591503   -3.20761451
  55. H                 -0.62593994    0.46075898    1.27100633
  56. O                 -2.10516705    4.09314251    0.08672285
  57. O                  1.21062595    4.91192951   -1.13445515
  58. O                 -4.02789805    5.28942151    0.28846085
  59. O                  2.46751595    3.78646651    0.37820585
  60. O                 -7.47030305    4.21260151    0.14542685
  61. O                  0.20420395    7.47838451   -0.21438315
  62. O                 -3.99357405    2.71387851   -1.40659815
  63. O                  5.16167595    5.92827151   -0.00329515
  64. O                  4.85576695    2.35405851   -0.46107315
  65. O                 -1.34295005    1.60570451   -0.71071315
  66. O                 -8.49355205    2.20327951   -0.11641215
  67. O                 -7.58313405    6.68473651    1.55921385
  68. O                  4.61981495    2.57679851    2.97551585
  69. N                 -2.67897205    7.66446651   -0.50267115
  70. N                  3.33973795    3.75733751   -2.38347015
  71. N                 -6.01386605    0.92159051   -0.56595915
  72. C                  0.05495495    5.04873851   -0.32002815
  73. C                 -0.61250405    6.38941651   -0.61560615
  74. C                 -2.00689605    6.48248051    0.00515785
  75. C                 -2.80799305    5.23809951   -0.36264515
  76. C                 -0.90372205    3.90166151   -0.63514515
  77. C                 -5.11774005    4.58965551   -0.31161215
  78. C                  2.42406695    4.92558451   -0.45342115
  79. C                  3.54193195    4.90113951   -1.49392015
  80. C                 -4.90463805    3.07180251   -0.38336515
  81. C                 -6.32987305    4.93161951    0.56867785
  82. C                  4.89320695    4.76418251   -0.76637315
  83. C                 -6.21732905    2.35474251   -0.69687015
  84. C                  4.87122895    3.58633051    0.22144685
  85. C                  3.66446995    3.72999451    1.15259585
  86. C                 -0.37067405    2.53917651   -0.25537515
  87. C                 -7.30219405    2.81511951    0.25642785
  88. C                 -6.68230005    6.40323451    0.50414885
  89. C                  3.51259695    2.54900151    2.09194185
  90. H                  0.33205395    4.98904751    0.74330985
  91. H                 -0.70721005    6.49163851   -1.70414215
  92. H                 -1.90178905    6.46299351    1.10665485
  93. H                 -2.95146805    5.17703851   -1.45503615
  94. H                 -1.11507105    3.90069451   -1.71965315
  95. H                 -5.27548005    4.97042551   -1.33383515
  96. H                  2.51697395    5.83142151    0.16838985
  97. H                  3.51073795    5.87000351   -2.02000915
  98. H                 -4.53888605    2.72924051    0.59585085
  99. H                 -6.08282805    4.67570751    1.61294785
  100. H                  5.68860595    4.57818051   -1.50291515
  101. H                 -6.54046405    2.66698851   -1.70480015
  102. H                  5.78156295    3.62085451    0.82681485
  103. H                  0.60365595    2.37588951   -0.72789015
  104. H                 -0.25226605    2.49082651    0.83515085
  105. H                 -7.03243505    2.56254851    1.29795685
  106. H                 -2.07383605    8.47631151   -0.42006415
  107. H                 -3.52851505    7.84053451    0.02335385
  108. H                 -7.13677405    6.59893951   -0.47655215
  109. H                 -5.76335605    6.99357451    0.60173585
  110. H                  0.28257095    7.46914651    0.74881585
  111. H                  3.49055795    1.62981151    1.49620285
  112. H                  2.56559295    2.65003751    2.63889585
  113. H                  3.95823395    3.81474151   -3.18713515
  114. H                  2.38226895    3.75716651   -2.72543415
  115. H                 -5.27665705    0.64019051   -1.20623315
  116. H                 -6.86426405    0.43204251   -0.82853515
  117. H                 -3.14682205    2.44790351   -1.01440815
  118. H                  5.30670095    6.67797051   -0.59111915
  119. H                  4.16095195    2.41512651   -1.14294015
  120. H                 -1.14452305    0.72681951   -0.37329915
  121. H                 -9.19846405    2.53337451    0.45379285
  122. H                 -8.02484205    7.52195551    1.38911985
  123. H                  4.79535395    1.68925151    3.30042185
  124. H                  3.77494295    4.65358951    1.74184185

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发表于 Post on 2021-1-2 10:36:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 11:50 编辑

emmmm,为什么用6-31+G**??用弥散函数远不如加一层ζ数,后者计算量小而结果好,因为新加的一层ζ本来就衰减较慢,有一定的弥散性质。
参见:谈谈量子化学中基组的选择 - http://sobereva.com/336 3.10 乱用弥散函数的问题
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-1-2 10:42:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 11:50 编辑

另外,你的结构严重不合理!Cl11和H88没有成键,居然距离只有1.87埃!Cl11和H97没有成键,居然距离只有2.04埃!
如果结构不是在驻点,那么频率的计算就毫无意义(除了指导结构优化,但你这个结构太差了,肯定很不稳定,也不像是鞍点结构,不需要算频率)。我建议你,如果不是就想要算这个结构的频率的话,先用力场或者半经验方法先预优化一下,再优化、计算频率。如果担心这些方法没法很好地描述氢键的话,可以把氢键相关的键长等冻住再做优化。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 11:30:51 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-2 10:42
另外,你的结构严重不合理!Cl11和H88没有成键,居然距离只有1.87埃!Cl11和H97没有成键,居然距离只有2.04 ...

好的,谢谢。
研一新生,打算先熟悉一下量化的流程,就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质,文献中是算他们的复合物,我用Gaussview把两个单体化合物靠近然后导出输入文件算的。是因为这个原因么?如果不对的话,该怎么得到复合物的初始结构呢?

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发表于 Post on 2021-1-2 11:35:21 | 只看该作者 Only view this author
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:30
好的,谢谢。
研一新生,打算先熟悉一下量化的流程,就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质 ...

我常用的几种预优化:
(1)GView 的 Clean 功能,很快但也最差,不成键的原子的距离它根本不管,有时候优化到很荒谬的距离。
(2)Chem3D 的 MM2,快,精度还可以接受,能考虑氢键。
(3)opt freq pm6,建议你这个体系把氢键键长冻住。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 11:44:30 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-1-2 11:35
我常用的几种预优化:
(1)GView 的 Clean 功能,很快但也最差,不成键的原子的距离它根本不管,有时候 ...

好的,谢谢。
我尝试一下

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发表于 Post on 2021-1-2 11:46:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-1-2 13:45 编辑
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:44
好的,谢谢。
我尝试一下

我给你准备好输入文件了。用的初始结构是你的结构用Chem3D里的MM2优化出来的结构。
  1. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  2. %mem=8GB
  3. %nprocshared=20
  4. #p Opt=ModRedundant pm6

  5. pm6 Pre-Optimization

  6.   0  1
  7. Cl 0    2.796757    2.035160   -3.592910
  8. O 0    0.060921    0.001434    1.119949
  9. N 0   -2.722716   -2.292283    1.961689
  10. N 0   -0.695600   -3.271500   -1.853170
  11. N 0    2.563254   -1.588030   -0.330686
  12. C 0   -2.197173   -4.391807   -0.156588
  13. C 0   -3.336349   -3.363737   -0.260997
  14. C 0   -1.363078   -4.537828   -1.442026
  15. C 0   -3.788746   -2.833418    1.116361
  16. C 0   -1.967117   -1.246872    1.276375
  17. C 0   -2.223120   -5.027070   -2.619535
  18. C 0   -3.241742   -1.808070    3.240155
  19. C 0    0.344113   -2.726104   -1.356079
  20. C 0   -0.724158   -0.758535    2.018050
  21. C 0   -4.012957   -2.856781    4.059047
  22. C 0    0.858445   -1.586942   -1.876824
  23. C 0    0.993247   -3.254903   -0.303083
  24. C 0    1.981871   -1.068193   -1.329922
  25. C 0    0.326910   -0.938935   -2.934009
  26. C 0    2.086359   -2.643090    0.170322
  27. C 0    2.556278    0.031444   -1.851691
  28. C 0    0.900736    0.156573   -3.456841
  29. C 0    2.030633    0.639497   -2.923495
  30. H 0   -0.477684    0.731233    0.802445
  31. H 0   -1.127141   -2.779911   -2.671264
  32. H 0   -1.512792   -4.110693    0.673863
  33. H 0   -2.623067   -5.381134    0.134745
  34. H 0   -3.043274   -2.521253   -0.925523
  35. H 0   -4.208480   -3.834326   -0.775900
  36. H 0   -0.570316   -5.311059   -1.287986
  37. H 0   -4.589785   -2.070564    0.967100
  38. H 0   -4.259320   -3.707867    1.625296
  39. H 0   -2.624871   -0.380390    1.044240
  40. H 0   -1.582168   -1.625884    0.303791
  41. H 0   -2.996760   -4.278397   -2.902408
  42. H 0   -1.595943   -5.210457   -3.522276
  43. H 0   -2.742654   -5.980599   -2.371244
  44. H 0   -3.893504   -0.914081    3.089617
  45. H 0   -2.390818   -1.487703    3.887587
  46. H 0   -0.970441   -0.088688    2.870933
  47. H 0   -0.098727   -1.609834    2.369696
  48. H 0   -5.019974   -3.069559    3.635153
  49. H 0   -3.444201   -3.812748    4.124825
  50. H 0   -4.185016   -2.497770    5.100312
  51. H 0    0.673025   -4.179141    0.200025
  52. H 0   -0.591327   -1.275775   -3.438839
  53. H 0    2.629318   -3.061762    1.034698
  54. H 0    3.482183    0.433067   -1.406824
  55. H 0    0.441216    0.649074   -4.330585
  56. O 0   -1.463713    3.603710    0.158120
  57. O 0    1.382885    5.382980   -1.157597
  58. O 0   -3.513812    4.156543    0.825397
  59. O 0    3.023921    4.180280   -0.243859
  60. O 0   -6.528600    2.180135    0.665290
  61. O 0    0.019896    7.360282    0.497678
  62. O 0   -3.033965    2.223793   -1.481404
  63. O 0    5.410037    6.750572   -0.330580
  64. O 0    5.186228    3.483858   -1.862676
  65. O 0   -0.256252    1.462303   -1.039647
  66. O 0   -7.121820    0.242541   -0.069230
  67. O 0   -7.249216    4.069335    2.589140
  68. O 0    5.708480    2.546073    1.515277
  69. N 0   -2.836706    6.978026    0.556910
  70. N 0    3.325243    5.296276   -2.966466
  71. N 0   -4.420791   -0.205964   -1.168641
  72. C 0    0.375087    5.094075   -0.222335
  73. C 0   -0.594716    6.269110   -0.146309
  74. C 0   -1.852422    5.888525    0.630350
  75. C 0   -2.434996    4.616095    0.043305
  76. C 0   -0.368726    3.835763   -0.677043
  77. C 0   -4.457547    3.354526    0.156433
  78. C 0    2.683856    5.496524   -0.618151
  79. C 0    3.613066    6.006998   -1.710092
  80. C 0   -3.869543    2.040884   -0.360427
  81. C 0   -5.577076    3.074457    1.174155
  82. C 0    5.079055    5.816835   -1.331630
  83. C 0   -4.983779    1.096499   -0.790211
  84. C 0    5.315751    4.410048   -0.805782
  85. C 0    4.311013    4.071079    0.285290
  86. C 0    0.495860    2.587165   -0.625887
  87. C 0   -5.961190    0.938269    0.345298
  88. C 0   -6.308731    4.352148    1.571715
  89. C 0    4.472441    2.662958    0.840881
  90. H 0    0.066381    7.180479    1.439770
  91. H 0   -2.122225    2.043417   -1.233616
  92. H 0    5.540509    7.614401   -0.728099
  93. H 0    4.271694    3.449543   -2.165301
  94. H 0    0.327762    0.698429   -1.148311
  95. H 0   -7.873961    0.769032    0.213209
  96. H 0   -7.717800    4.873977    2.823353
  97. H 0    5.861826    1.624646    1.737049
  98. H 0   -2.426942    7.861830    0.906477
  99. H 0   -3.640892    6.776697    1.176677
  100. H 0    3.799039    5.748816   -3.766866
  101. H 0    2.313351    5.344979   -3.178505
  102. H 0   -3.802004   -0.097398   -1.991164
  103. H 0   -5.175580   -0.846782   -1.469897
  104. H 0    0.794730    4.910971    0.793611
  105. H 0   -0.872138    6.600382   -1.174535
  106. H 0   -1.598739    5.728256    1.705852
  107. H 0   -2.754421    4.776004   -1.008684
  108. H 0   -0.729298    3.963119   -1.726421
  109. H 0   -4.894982    3.932377   -0.691804
  110. H 0    2.677848    6.172700    0.265356
  111. H 0    3.403722    7.087844   -1.899558
  112. H 0   -3.258692    1.569268    0.440340
  113. H 0   -5.132704    2.624324    2.095420
  114. H 0    5.747213    6.035733   -2.196379
  115. H 0   -5.506955    1.514561   -1.683963
  116. H 0    6.359678    4.319849   -0.425151
  117. H 0    4.406084    4.782908    1.140220
  118. H 0    1.352687    2.671586   -1.321660
  119. H 0    0.881759    2.389597    0.397452
  120. H 0   -5.546619    0.441885    1.248806
  121. H 0   -6.863134    4.790101    0.712286
  122. H 0   -5.619314    5.122134    1.983159
  123. H 0    4.451079    1.890908    0.043342
  124. H 0    3.672623    2.424163    1.577976

  125. B 24 59 F
  126. B 50 85 F
  127. B 85 59 F

  128. --LINK1--
  129. %chk=/home/xxx/Gauss/g09/scratch/chk/CHQ-QT.chk
  130. %mem=8GB
  131. %nprocshared=20
  132. #p Opt=NoFreeze freq M062X/6-311G** Geom=CheckPoint

  133. M062X/6-311G** opt freq job

  134. 0 1

复制代码
顺便吐槽一下,Chem3D 里的 MM2 认为这个结构比你的初始结构稳定 193 kcal/mol……可见你的初始结构有多么离谱……所以预优化是很重要的,要是拿你那个电子方法把你这个分子优化下来 193 kcal/mol 可能要两三天的机时,但我这边 MM2 预优化几分钟就好了。


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王二葛 + 2 GJ!

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现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-1-2 17:15:30 | 只看该作者 Only view this author
abc_xin 发表于 2021-1-2 11:30
好的,谢谢。
研一新生,打算先熟悉一下量化的流程,就照着一篇文章照做了一遍。我的文件其实是两个物质 ...

你这种做法没有丝毫意义,完全不具备最基本的量化计算常识
什么级别做振动分析,就得什么级别优化

别瞎算了

拿B3LYP-D3(BJ)/6-311G*做了优化再说振动分析的事。预优化可以用PM6-D3或者PM7。相关信息看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

另外建议看下文。没有常识下计算出的>99%的数据都是完全的垃圾数据,没有丝毫意义
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 17:52:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 17:15
你这种做法没有丝毫意义,完全不具备最基本的量化计算常识
什么级别做振动分析,就得什么级别优化

好的,谢谢。

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