关于250个并五苯分子的超胞能量最小化后分子断裂的询问

zhy336613

各位老师好，
我是一名分子动力学新手，今天尝试对含有250个并五苯分子的超胞进行能量最小化，拓扑文件是用Sobtop生成的，并用懒人脚本计算了RESP2电荷。但经过能量最小化后，用VMD查看分子的几何构型，发现其结构被破坏（如图），因此想请问大家是什么原因。随文附上分子动力学模拟中的各文件（minim.gro是能量最小化后的最终结构）。谢谢各位老师！

zhy336613

此外，运行grompp后出现了下列提示：

1. NOTE 1 [file PEN.top, line 14]:
   
2.   In moleculetype 'PEN' 8 atoms are not bound by a potential or constraint
   
3.   to any other atom in the same moleculetype. Although technically this
   
4.   might not cause issues in a simulation, this often means that the user
   
5.   forgot to add a bond/potential/constraint or put multiple molecules in
   
6.   the same moleculetype definition by mistake. Run with -v to get
   
7.   information for each atom.

复制代码

sobereva

zhy336613 发表于 2023-2-14 23:13
此外，运行grompp后出现了下列提示：

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva

拓扑文件明显有问题，甚至连键角项都没有
先跑单分子MD，跑成功了再说跑晶体的

zhy336613

sobereva 发表于 2023-2-15 06:25
拓扑文件明显有问题，甚至连键角项都没有
先跑单分子MD，跑成功了再说跑晶体的

谢谢老师！我认真排查一下原因，下次注意发言规范！