gromacs分析模拟粘度问题

浅原问问

老师好，请问在gromacs中用g_tcaf命令得到的visc_k.xvg文件，如下图。可以在图中求平均值然后当做体系的粘度吗？我试着做了一下平均值，发现跟实验值差了约100倍，不知道是应该坐标调整100倍，还是这种方法就是不对的。希望老师指点一下。谢谢老师！

coolrainbow

还有种可能是体系已经结冰了，根本就不是液体

mol

这个不是要用函数拟合，然后外推到k=0的情况下的y值才是粘度吗？

chieko

mol 发表于 2018-12-11 10:42
这个不是要用函数拟合，然后外推到k=0的情况下的y值才是粘度吗？

请问一下老师和题主，这里拟合的函数有什么讲究呢？
按照gmx官方的说法，The k-dependent viscosities in the -ov file should be fitted to eta(k) = eta_0 (1 - a k^2) to obtain the viscosity at infinite wavelength. 我就是按照这个方程去拟合eta_0的。
不过有的时候感觉上式的拟合很不好，反而是线性或者其他形式的拟合更好。。。可以用别的方程拟合k = 0时候的eta吗？谢谢！