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[VMD] 求助:vmd的tcl脚本纠正

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各位老师同学好,我尝试使用vmd去分析当前体系的总键数,目前根据论坛的资料写了一个tcl脚本,如下,但是测出来的每一帧的体系都是当前帧的总键数,想大家帮忙看看究竟是缺失了什么命令,是输出没有设置循环嘛?感谢各位。
  1. set sel [atomselect top all]   
  2. set total_bonds 0  
  3. for {set i 0} {$i<300} {incr i} {  
  4.     $sel frame $i  
  5.     $sel update   
  6.     set bond_counts [$sel get numbonds]   
  7.     set frame_bonds 0   
  8.     foreach count $bond_counts {  
  9.         incr frame_bonds $count  
  10.     }   
  11.     puts "Frame: $i   numbonds: $frame_bonds"   
  12. }
复制代码

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发表于 Post on 2024-7-4 18:11:10 | 只看该作者 Only view this author
VMD里面键是不会随帧数变化的

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发表于 Post on 2024-7-4 19:57:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyj714 于 2024-7-4 19:59 编辑

针对每一帧:
  1. animate goto $i
  2. mol bondsrecalc top
  3. mol reanalyze  top
复制代码


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