主族金属有机化合物的泛函如何选择？Gaussian程序中电荷能否指定到某个原子上？

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2021-3-2 13:38:54

各位老师好！我主要有两个问题：
1.我在计算叔丁醇钠这种主族金属有机化合物的时候，泛函选择M06-2X(D3)，结构优化6-31g**，单点def2-tzvp是否合适？

2.计算反应机理的时候，我可能需要单独计算叔丁醇负离子(去掉钠离子)与其他有机物反应，电荷能够直接加在氧原子上面吗？还是说有其他方法

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-3-2 14:03:18

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-3-2 14:06 编辑

1. 可
2. “电荷能够直接加在氧原子上”这是受传统有机化学观念影响（du hai）的结果，只需保证整体电荷正确即可。
3. 若阳离子被拿掉，体系含叔丁醇负离子，那你这整体是带负电的，需要用带弥散函数的基组。有两种方案：
（1）结构优化这步不加弥散，用例如6-31G(d,p)，6-311G(d)，6-311G(d,p)等，视体系大小和你的机器算力，能用多大基组就用多大基组。从你帖子有限的信息来看体系并不大，6-31G(d,p)略微有些寒碜。单点用弥散基组，如ma-def2-TZVP，def2-TZVPD, 6-311+G(d,p)等。
（2）结构优化和后续单点都用弥散基组，视体系大小和你的机器算力。
无论（1）或（2），加弥散都有两种方式：仅对涉及负离子的几个原子用带弥散的基组；对所有原子都用同一个带弥散的基组，视体系大小和你的机器算力。

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2021-3-2 14:19:42

zjxitcc 发表于 2021-3-2 14:03
1. 可
2. “电荷能够直接加在氧原子上”这是受传统有机化学观念影响（du hai）的结果，只需保证整体电荷正 ...

非常感谢您了，您说的非常全面。我还有一个问题不太确定，如果把叔丁醇负离子和一个丙酮分子放一起优化，同样也是整体电荷为-1就可以了？

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-3-2 14:25:46

yaoyuan0711 发表于 2021-3-2 14:19
非常感谢您了，您说的非常全面。我还有一个问题不太确定，如果把叔丁醇负离子和一个丙酮分子放一起优化， ...

是的。你可以算完做布局分析，负电荷集中在叔丁醇上，尤其是叔丁醇氧上（不过，负电荷不可能像传统有机化学那样想象中是-1）

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2021-3-2 14:33:13

zjxitcc 发表于 2021-3-2 14:25
是的。你可以算完做布局分析，负电荷集中在叔丁醇上，尤其是叔丁醇氧上（不过，负电荷不可能像传统有机化 ...

好的，谢谢您了！

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-2 15:13:53

仔细看看此文
谈谈约束性DFT(CDFT)
http://sobereva.com/271（http://bbs.keinsci.com/thread-535-1-1.html）

以及此文最后一节
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2021-3-2 16:58:01

sobereva 发表于 2021-3-2 15:13
仔细看看此文
谈谈约束性DFT(CDFT)
http://sobereva.com/271（http://bbs.keinsci.com/thread-535-1-1.ht ...

好的，非常感谢您！

Accelerator · 发表于 Post on 2021-3-2 17:46:19

几个概念问题：
1. 叔丁醇钠不属于金属有机化合物
2. 不知道你的溶剂是什么大多数情况下醇盐都是以多聚体的形式参与反应的

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2021-3-3 08:22:11

Accelerator 发表于 2021-3-2 17:46
几个概念问题：
1. 叔丁醇钠不属于金属有机化合物
2. 不知道你的溶剂是什么大多数情况下醇盐都是以多聚 ...

抱歉是我弄错了。没有溶剂，直接跟丙酮反应生成酮烯

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[新手求助] 主族金属有机化合物的泛函如何选择？Gaussian程序中电荷能否指定到某个原子上？

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