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[新手求助] 请问能否通过gaussian研究分子的亲水性和疏水性?

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如题,比如羰基、氨基、羟基等是亲水基团,长碳链、苯环是疏水基团,油脂分子有亲水端和疏水端。是否可以通过量子化学的方法定量描述分子某一片段的亲水性和疏水性?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-2 22:07:34 | 只看该作者 Only view this author
读过sob老师的帖子知道可以使用油水分配系数LogP来判定整个分子的亲水性,但不知道能否判定分子的一部分的亲水性。

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发表于 Post on 2022-4-2 22:17:27 | 只看该作者 Only view this author
参考MPI指数。通常MPI越大越亲水
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html

Multiwfn的定量分子表面分析功能可以对特定片段做表面静电势分析(包括输出MPI指数)从而衡量。按下文,主功能12做表面静电势分析后,在后处理菜单选12,输入片段里包含的原子的序号
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-2 22:30:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-2 22:17
参考MPI指数。通常MPI越大越亲水
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518(http://bbs.keinsci. ...

谢谢sob老师,请问使用gaussian可以算吗?没有使用过Multiwfn.......

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发表于 Post on 2022-4-2 22:59:02 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2022-4-2 22:30
谢谢sob老师,请问使用gaussian可以算吗?没有使用过Multiwfn.......
不能算
你的学习能力为0么?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-4-2 23:14:55 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2022-4-2 15:30
谢谢sob老师,请问使用gaussian可以算吗?没有使用过Multiwfn.......

你第一次用origin之前你也不会用origin,难道就用excel画图凑合了吗?
而且那还是excel能画图的情况下,你都学会了origin,现在遇到gaussian完全不能做的事情,叫你学Multiwfn倒不学,为啥?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-5 10:04:31 | 只看该作者 Only view this author
UTM 发表于 2022-4-2 22:30
谢谢sob老师,请问使用gaussian可以算吗?没有使用过Multiwfn.......

看社长帖子,顶多几十分钟就学得会

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发表于 Post on 2022-4-5 14:26:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-2 22:17
参考MPI指数。通常MPI越大越亲水
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http://sobereva.com/518(http://bbs.keinsci. ...

请问社长,分子的亲疏水性可以用溶解自由能衡量吗
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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发表于 Post on 2022-4-5 21:32:22 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2022-4-5 14:26
请问社长,分子的亲疏水性可以用溶解自由能衡量吗

光靠这个不行,不同尺寸分子没有可比性,比如聚合物,10个单元和200个单元,数量级肯定不同。而MPI在分母里有体系总表面积,就没这个问题。
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发表于 Post on 2022-4-6 12:56:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-5 21:32
光靠这个不行,不同尺寸分子没有可比性,比如聚合物,10个单元和200个单元,数量级肯定不同。而MPI在分母 ...

懂了,谢谢社长
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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