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[GROMACS] 求助:RMSD最后3ns突变了2埃米

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跑到最后几纳秒,配体突然旋转了一下,RMSD突变了2埃米,这个重新跑有用吗?或者应该怎么处理啊,救助。



突变




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发表于 Post on 2023-11-22 03:32:37 | 只看该作者 Only view this author
只有埃,没有埃米

重跑是什么意思。倘若力场和模拟设置合理,本来配体和蛋白质结合就可能有不同朝向、位点,并且可能是不断相互变化的,模拟出来是什么样就是什么样。跑更长时间进一步观望
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 15:18:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 03:32
只有埃,没有埃米

重跑是什么意思。倘若力场和模拟设置合理,本来配体和蛋白质结合就可能有不同朝向、位 ...

感谢老师的指正。就是像图中那样在最后几纳秒突变,直接拿来作为图审稿人可能要问,我想按照原来设置的参数重新运行一次分子动力学模拟,看看这个突变能不能提前出现或者延后出现。这样可行吗?

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发表于 Post on 2023-11-22 15:43:17 | 只看该作者 Only view this author
lzy233 发表于 2023-11-22 15:18
感谢老师的指正。就是像图中那样在最后几纳秒突变,直接拿来作为图审稿人可能要问,我想按照原来设置的参 ...

你的50ns明显不稳定,这不是最后几纳秒的问题,是体系本身不稳定。并且50ns太少了,发不了好文章的,建议跑200ns,赶时间的话也至少跑100ns。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 15:48:59 | 只看该作者 Only view this author
Azrael 发表于 2023-11-22 15:43
你的50ns明显不稳定,这不是最后几纳秒的问题,是体系本身不稳定。并且50ns太少了,发不了好文章的,建议 ...

感谢提醒,关于体系稳定方面有相关的教程吗,想重新弄一下

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发表于 Post on 2023-11-22 16:01:21 | 只看该作者 Only view this author
体系的稳定取决你的配体与周围氨基酸的相互作用,而周围氨基酸是你对接所决定的,建议在对接时使用薛定谔或者MOE对蛋白进行优化,并且采取不同的对接POSE都试一下,所采取的POSE最好与已经报道的晶体小分子作用方式。如果MD一直不稳,而缺少实验数据,则可推断该分子与蛋白无相关活性,尝试设计新的分子吧。
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发表于 Post on 2023-11-22 19:14:03 | 只看该作者 Only view this author
lzy233 发表于 2023-11-22 15:48
感谢提醒,关于体系稳定方面有相关的教程吗,想重新弄一下

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 20:49:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lzy233 于 2023-11-23 09:01 编辑
Azrael 发表于 2023-11-22 16:01
体系的稳定取决你的配体与周围氨基酸的相互作用,而周围氨基酸是你对接所决定的,建议在对接时使用薛定谔或 ...

谢谢,使用处理后确实稳定很多了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 20:53:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 19:14
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632(http://bbs.kei ...

谢谢社长,我找到原因了的,就是蛋白质预处理不是很好。

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发表于 Post on 2023-11-23 10:20:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 19:14
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632(http://bbs.kei ...

好文章,给社长点赞
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发表于 Post on 2024-1-6 21:50:28 | 只看该作者 Only view this author
lzy233 发表于 2023-11-22 20:49
谢谢,使用处理后确实稳定很多了。

您好,想问下您是怎么处理这个蛋白得到改善的呢

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