GaussView构建呕吐毒素分子求助

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 10:35:48

各位老师大家上午好。图1是呕吐毒素的分子式，图2是我用GaussView照着图1的分子式构建出来的立体结构图，但是总感觉怪怪的样子。然后用B3LYP/6-31G(d)级别下进行优化得到图3的样子，分子已经解体的。请问，怎么能够正确地构建出呕吐毒素的结构呢？有没有那种能导出来呕吐毒素结构的数据库，这样的话能确保呕吐毒素分子结构的正确性。

leo1992 · 发表于 Post on 2021-4-6 10:41:12

可以从chemspider下一个.mol文件再优化试试。

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 11:08:14

leo1992 发表于 2021-4-6 10:41
可以从chemspider下一个.mol文件再优化试试。

十分感谢您的回复。我登陆http://www.chemspider.com/网站，搜索DON（呕吐毒素），但是一直处于搜索中的状态，不知道是不是因为外网的限制问题。

终_焉 · 发表于 Post on 2021-4-6 11:19:31

这么复杂的结构没有单晶也能把绝对构型定下来吗？

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 11:37:31

终_焉发表于 2021-4-6 11:19
这么复杂的结构没有单晶也能把绝对构型定下来吗？

感谢您的帮助，这个构型是按照呕吐毒素的分子式构建的吗？我接下来是需要进行结构优化吗？

swordshine · 发表于 Post on 2021-4-6 12:18:00

用chem3d转化下就可以，没必要用gaussview直接画

终_焉 · 发表于 Post on 2021-4-6 12:29:32

yang2020 发表于 2021-4-6 11:37
感谢您的帮助，这个构型是按照呕吐毒素的分子式构建的吗？我接下来是需要进行结构优化吗？

我是对着结构式画的，你确认一下吧，然后在恰当的级别进行优化。

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 12:43:06

终_焉发表于 2021-4-6 12:29
我是对着结构式画的，你确认一下吧，然后在恰当的级别进行优化。

好的，谢谢您！

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 12:44:01

swordshine 发表于 2021-4-6 12:18
用chem3d转化下就可以，没必要用gaussview直接画

好，我下载chem3d看看

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 15:25:46

终_焉发表于 2021-4-6 12:29
我是对着结构式画的，你确认一下吧，然后在恰当的级别进行优化。

打扰您了，请问一下您给我的这个构型是用什么画的呀？

终_焉 · 发表于 Post on 2021-4-6 16:19:44

yang2020 发表于 2021-4-6 15:25
打扰您了，请问一下您给我的这个构型是用什么画的呀？

chem3d

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-4-6 16:23:34

yang2020 发表于 2021-4-6 12:44
好，我下载chem3d看看

用 ChemDraw 绘制结构，然后粘进 Chem3D，预优化后保存为 gjf 文件，是极其常用的操作。
两点Note：

（1）注意有时候 Chem3D 会给你把孤对电子的坐标也写进去，需要手动删除。

（2）画手性分子的时候，上面从 ChemDraw 粘进 Chem3D 的步骤，很可能手性给你搞错，要注意检查。

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 19:09:04

终_焉发表于 2021-4-6 16:19
chem3d

好的，谢谢

yang2020 · 发表于 Post on 2021-4-6 19:09:17

北大-陶豫发表于 2021-4-6 16:23
用 ChemDraw 绘制结构，然后粘进 Chem3D，预优化后保存为 gjf 文件，是极其常用的操作。
两点Note：

好的，感谢！

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