如何仅优化晶体中的氢原子

bow1225 · 发表于 Post on 2021-4-25 17:22:59

本帖最后由 bow1225 于 2021-4-25 17:50 编辑

请问各位大佬，我现在有一个大概2200个原子的体系，仅想定性的优化晶体中氢原子的位置，有没有什么比较快的办法？目前我在G16上用PM6需要跑一周左右，希望找个更快的方法来代替。
然后我尝试用力场来优化氢原子的位置，但是出现了l101.exe错误，相应的input是直接用GView生成的，在此基础上加上了opt=readopt，所以是不是表示不能用力场进行限制性优化？输入文件见附件
恳请大佬们帮助

ABetaCarw · 发表于 Post on 2021-4-25 17:32:48

使用MS-Forcite去做吧。导入MS 然后冻结所有非氢原子然后Forcite直接优化就可以了

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-25 17:44:28

如果当孤立体系算，可以用xtb优化，优化2200多原子并不吃力。也可以用MOPAC优化，对大体系用半经验比Gaussian里的相同半经验方法快得多。
光问link xxx报错毫无意义，起码上传输入文件。

bow1225 · 发表于 Post on 2021-4-25 17:51:09

sobereva 发表于 2021-4-25 17:44
如果当孤立体系算，可以用xtb优化，优化2200多原子并不吃力。也可以用MOPAC优化，对大体系用半经验比Gaussi ...

谢谢社长，输入文件已上传

bow1225 · 发表于 Post on 2021-4-25 17:51:42

ABetaCarw 发表于 2021-4-25 17:32
使用MS-Forcite去做吧。导入MS 然后冻结所有非氢原子然后Forcite直接优化就可以了

十分感谢，我这就去试一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-26 13:01:23

你这么用Gaussian计算太粗暴了
这么指定Cl的原子电荷根本没意义，最终还是会用QEq电荷
力场下优化默认会用专门的代码，若要用一般性的控制优化的设置，opt里写nomicro
当前这体系结构莫名其妙。之后如果当孤立体系计算，拿单个分子优化就完了。如果还当周期性，如我前面所述，用CP2K

bow1225 · 发表于 Post on 2021-4-26 14:08:26

好的，多谢社长解答

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