求助：关于用xtb模拟dna与其取代物的问题

18217265596 · 发表于 Post on 2021-4-28 09:03:28

读了这篇文章”使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”后考虑用同样的方法做我们感兴趣的一个体系考察dna和其部分取代物在水溶液中的稳定性
（因为取代后拟合力场较麻烦）
对天然dna做测试

$md
temp= 298  //温度(K)
time= 100.0  //模拟的总时间(ps)
dump= 50.0  //每多少fs往轨迹文件里写入一次
step=  1.0  //步长(fs)
hmass=1  //氢原子的质量是实际的多少倍
shake=0  //将与氢有关的化学键距离都用SHAKE算法约束住
$end

shake=1也用过
xtb 1bnawithion.xyz --input md.inp --gfn 1 -c 0 --omd --alpb water

DNA用Mg平衡电荷到中性
目前遇到的问题是轨迹文件中DNA碱基对结构基本失去

感觉这样有点问题
请指教：是输入条件有什么问题吗？需要加一层显式水层，外侧用隐式溶剂吗？

18217265596 · 发表于 Post on 2021-4-28 09:22:28

我也在想适当地加空间限制比如碱基对的氢键但感觉那样太人为了所以没有做不知道有没有必要

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-28 09:43:17

这种东西不加显式水那你模拟个啥，光靠alpb是不足以描述你这个分子和水的作用的

18217265596 · 发表于 Post on 2021-4-28 10:32:13

喵星大佬发表于 2021-4-28 09:43
这种东西不加显式水那你模拟个啥，光靠alpb是不足以描述你这个分子和水的作用的

加一层够吗还是做个水盒子？
如果加一层的话需要pbc吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-28 14:37:46

18217265596 发表于 2021-4-28 10:32
加一层够吗还是做个水盒子？
如果加一层的话需要pbc吗

一层太薄，很可能跑一段MD有的水就跑到别的地方了，导致裸露
用pbc会需要加很多水，非常昂贵
你嫌自己弄非标准残基麻烦，实际上你这么鼓捣最终花大把时间大概率还不如自己搞个非标准残基参数

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