求助：运行gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -o ions.tpr -p protein.top命令报错

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-3-29 20:16:51

各位老师，本人在运行grompp命令gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -o ions.tpr -p protein.top时，报下面图片错误（图1报错内容，图2是报错内容来源，图3是第二张图片中提到的top文件的51行），目前本人搭建的所有体系在运行此命令时都报这个错误，请问该如何解决呢？非常感谢您的解答！

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-29 21:41:27

因为体系带电，所以会提示，会报错。
没关系的，-maxwarn 1忽略即可

但是在下一步的运行中，需要加入等量的抗衡离子，然后再进行em，此时就不会因为电荷而报错了。

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-3-29 21:57:25

本帖最后由 jiaxing6821 于 2021-3-29 22:28 编辑

牧生发表于 2021-3-29 21:41
因为体系带电，所以会提示，会报错。
没关系的，-maxwarn 1忽略即可

但是当我做别的体系时，报错显示电荷数不为整数，我试图通过命令使其电荷中和，但是提示我命令里必须输入整数，请问又该如何处理呢？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-29 23:03:02

jiaxing6821 发表于 2021-3-29 21:57
但是当我做别的体系时，报错显示电荷数不为整数，我试图通过命令使其电荷中和，但是提示我命令里必须输入 ...

电荷数不为整数应该确认一下是不是你体系里原子电荷设置的有问题

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-30 07:29:56

jiaxing6821 发表于 2021-3-29 21:57
但是当我做别的体系时，报错显示电荷数不为整数，我试图通过命令使其电荷中和，但是提示我命令里必须输入 ...

如果只差非常小一点点，可以不管。
也可以自己手动把itp里面电荷分配一下，使其为整数。

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2021-3-30 09:04:52

感谢各位老师的解答！

冷血 · 发表于 Post on 2021-4-15 14:47:27

牧生发表于 2021-3-30 07:29
如果只差非常小一点点，可以不管。
也可以自己手动把itp里面电荷分配一下，使其为整数。

你好，一定要让其变为整数嘛？

牧生 · 发表于 Post on 2021-4-15 15:01:26

冷血发表于 2021-4-15 14:47
你好，一定要让其变为整数嘛？

如果差0.0000几为整数，可以不管。

如果像我一样比较在意那个电荷不为整数的提示，那么就手动把这么少的电荷手动加到或减到某一个带电数值比较大的上面去。

冷血 · 发表于 Post on 2021-4-15 15:07:54

牧生发表于 2021-4-15 15:01
如果差0.0000几为整数，可以不管。

如果像我一样比较在意那个电荷不为整数的提示，那么就手动把这么少 ...

ok，如果是0.3这样的呢？

，用的AM1-BCC

。

牧生 · 发表于 Post on 2021-4-15 15:11:35

本帖最后由牧生于 2021-4-15 15:13 编辑

我没用AM1-BCC

Multiwfn算出来的RESP电荷，是整数。

Multiwfn算出来的RESP2电荷会略有点偏差，大约差0.0000几，我就把这么点电荷加到或减到了别的数值大的原子，使得整体的电荷为整数
http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

冷血 · 发表于 Post on 2021-4-15 16:07:54

牧生发表于 2021-4-15 15:11
我没用AM1-BCC

Multiwfn算出来的RESP电荷，是整数。

社长的blog我看了，奈何手上没有Gaussian，而且Multiwfn我也没权力安装，尴尬了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-3 03:48:52

冷血发表于 2021-4-15 16:07
社长的blog我看了，奈何手上没有Gaussian，而且Multiwfn我也没权力安装，尴尬了。

免费的ORCA跑出来molden文件，照样也能用Multiwfn算RESP/RESP2电荷

基本操作怎么用，看
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
molden文件产生方式看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）
输入文件怎么创建看
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

Multiwfn可以基于几乎所有主流量子化学程序计算RESP/RESP2电荷

冷血 · 发表于 Post on 2021-5-7 09:15:55

sobereva 发表于 2021-5-3 03:48
免费的ORCA跑出来molden文件，照样也能用Multiwfn算RESP/RESP2电荷

基本操作怎么用，看

多谢社长

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：运行gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -o ions.tpr -p protein.top命令报错