关于PDBQT文本文件格式问题

ch3r · 发表于 Post on 2023-12-22 08:12:20

想请问一下各位，我在进行虚拟筛选的时候报错，说我PDBQT格式有问题，但是我使用ADT生成的PDBQT文件呀，请教一下大家，指出我的错误，谢谢。

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-1-21 14:31:12

文件只是在ADT里面生成的还是说已经经过优化了？

ch3r · 发表于 Post on 2024-3-1 18:39:56

SiqiLee 发表于 2024-1-21 14:31
文件只是在ADT里面生成的还是说已经经过优化了？

原文件PDB是在PDB网站下载的，生成的pdbqt文件是由ADT生成的。

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-3-7 15:53:25

ch3r 发表于 2024-3-1 18:39
原文件PDB是在PDB网站下载的，生成的pdbqt文件是由ADT生成的。

配体应该用这个prepare_ligand4.py去处理，蛋白用prepare_receptor4.py，蛋白在处理前最好通过pymol等剔除过不需要的部分，缺失的部分必要的时候需要用其它软件补全，以及调整质子化残基

ch3r · 发表于 Post on 2024-3-7 17:30:04

SiqiLee 发表于 2024-3-7 15:53
配体应该用这个prepare_ligand4.py去处理，蛋白用prepare_receptor4.py，蛋白在处理前最好通过pymol等剔 ...

十分感谢，我会尝试一下。

student_123 · 发表于 Post on 2024-3-9 19:07:39

用prepare_receptor4.py做蛋白质处理的时候跳出提醒说要用prepare_pdb_split_alt_confs.py，可是做出来pdb文件被分成了两个单独的文件，这是什么意思……

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[分子对接] 关于PDBQT文本文件格式问题