计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2436|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 酶与小分子簇模型使用opt=TS优化时出现的不收敛如何解决?

[复制链接 Copy URL]

102

帖子

0

威望

632

eV
积分
734

Level 4 (黑子)

蛋白设计爱好者

研究体系是一个酶与小分子的团簇模型,除了将边界氢饱和以及边界原子固定后,还将小分子的C-S键固定为1.9埃,但提示收敛失败
Old curvilinear step not converged, using linear step:
SCX= 1.03D-06 DXMaxT= 3.00D-01 SCLim= 1.50D-01 Fact= 1.00D+00
Error imposing constraints


虽然看了尝试了http://sobereva.com/61中的一些方法,诸如(1)SCF=NoVarAcc(2)SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12(3)降步数opt=(calcfc,ts,noeigen,maxstep=5)都没有用,google之后发现这个报错通常在QST2中发现,请问这该如何解决?

%mem=32GB
%chk=opt_C_S_1.9A_22_8_3.chk
%nprocshared=64
#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) em=gd3

输入文件如下

Title Card Required

2 1
C               -1   49.44500000   49.13700000   47.40300000
C                0   48.42600000   49.17000000   46.29700000
C                0   48.34500000   47.79500000   45.57800000
C                0   47.52000000   47.83000000   44.23800000
N                0   47.88000000   48.66300000   43.28600000
O                0   46.70500000   46.97100000   43.84900000
H                0   47.45500000   49.37400000   46.79200000
H                0   48.70600000   49.98400000   45.59200000
H                0   49.39100000   47.55900000   45.28900000
H                0   48.08800000   46.90900000   46.25900000
H                0   47.45400000   48.66800000   42.35100000
H                0   48.67500000   49.25000000   43.51200000
C               -1   45.42000000   39.95700000   44.22700000
C                0   44.77900000   41.14400000   44.96200000
C                0   44.83200000   42.47000000   44.24600000
C                0   45.52600000   43.61900000   44.50500000
N                0   43.75500000   42.81800000   43.35500000
C                0   44.05600000   44.05900000   42.99200000
N                0   45.07400000   44.58000000   43.68000000
H                0   43.71100000   40.92400000   45.15400000
H                0   45.16100000   41.32400000   45.98800000
H                0   46.43800000   43.67800000   45.10600000
H                0   43.45400000   44.64400000   42.25900000
H                0   45.54700000   45.50700000   43.55400000
C               -1   40.59500000   39.88900000   42.03200000
C                0   40.72900000   40.84700000   43.27600000
C                0   40.03700000   42.21900000   42.97400000
N                0   40.44500000   43.21400000   43.73700000
O                0   39.09600000   42.23600000   42.19000000
H                0   40.14500000   40.47500000   44.01500000
H                0   41.80600000   40.83600000   43.54300000
H                0   39.94300000   44.09100000   43.57500000
H                0   41.15100000   42.92600000   44.42700000
C                0   41.36100000   40.93100000   38.58300000
C                0   42.55300000   41.94800000   38.49300000
C                0   42.29300000   43.33500000   39.16800000
C                0   41.16100000   44.18500000   38.67300000
O                0   40.48500000   44.82000000   39.43200000
O                0   40.83200000   44.08900000   37.36400000
H                0   43.39500000   41.45100000   38.92300000
H                0   42.88800000   41.93200000   37.50100000
H                0   42.32400000   43.14400000   40.24500000
H                0   43.15100000   43.99800000   38.89300000
H                0   40.21300000   44.74900000   36.99700000
C               -1   37.05900000   41.58800000   35.37100000
C                0   38.50600000   41.51300000   36.05700000
O                0   39.18600000   40.41700000   35.52000000
H                0   39.08800000   42.49700000   35.93000000
H                0   38.42000000   41.32000000   37.11900000
H                0   40.06300000   40.74700000   35.16300000
C               -1   34.69800000   38.03800000   31.39100000
C                0   33.66400000   39.22500000   31.59700000
C                0   34.31000000   40.55600000   32.04200000
C                0   33.31000000   41.67600000   32.17200000
N                0   34.03700000   42.90100000   32.55600000
C                0   34.05300000   43.38600000   33.74700000
N                0   33.34400000   42.99600000   34.72000000
N                0   34.78700000   44.49400000   33.93800000
H                0   33.03600000   39.36300000   30.66600000
H                0   32.96700000   38.78800000   32.28300000
H                0   34.72700000   40.39500000   32.98100000
H                0   35.02800000   40.89300000   31.33700000
H                0   32.82300000   41.84600000   31.15200000
H                0   32.57800000   41.33900000   32.89300000
H                0   34.53900000   43.32900000   31.79500000
H                0   32.72300000   42.24100000   34.67500000
H                0   33.45900000   43.54200000   35.57800000
H                0   35.25500000   44.93700000   33.14000000
H                0   34.85500000   44.91700000   34.90500000
C               -1   35.08800000   50.91800000   34.98800000
C                0   36.56200000   51.01800000   35.26100000
C                0   36.95800000   50.83200000   36.68800000
C                0   37.16800000   49.56000000   37.23500000
C                0   37.25400000   51.97100000   37.42500000
C                0   37.65300000   49.35600000   38.54900000
C                0   37.70600000   51.75800000   38.74700000
C                0   37.89500000   50.47600000   39.33600000
O                0   38.26600000   50.38400000   40.62200000
H                0   37.10700000   50.23000000   34.79800000
H                0   36.93600000   51.95500000   34.96900000
H                0   36.99600000   48.68500000   36.65300000
H                0   37.20100000   52.92500000   36.99100000
H                0   37.86800000   48.31900000   38.82300000
H                0   37.95400000   52.60800000   39.39600000
H                0   38.76800000   51.10900000   40.86700000
C               -1   35.07300000   48.20300000   42.16200000
C                0   36.50600000   47.82100000   41.89200000
C                0   37.54100000   47.92900000   43.06700000
C                0   38.23000000   46.67200000   43.61400000
O                0   38.24300000   46.37100000   44.74400000
O                0   38.73100000   45.84100000   42.68900000
H                0   36.58100000   46.85500000   41.49200000
H                0   36.89000000   48.42900000   41.06800000
H                0   38.30300000   48.66300000   42.85200000
H                0   36.94200000   48.43300000   43.88400000
H                0   38.74200000   46.31900000   41.81700000
C                0   49.93800000   51.55300000   40.76900000
C                0   49.04400000   52.53900000   40.02300000
C                0   48.34400000   51.94000000   38.76100000
C                0   47.21300000   50.96900000   39.10900000
O                0   46.74100000   50.84200000   40.23900000
O                0   46.85400000   50.13700000   38.09700000
H                0   48.32500000   52.92700000   40.72900000
H                0   49.63600000   53.40600000   39.86900000
H                0   47.72600000   52.73200000   38.29800000
H                0   49.05600000   51.56500000   37.96700000
H                0   47.35900000   50.44800000   37.26200000
S               -1   42.91510245   48.55213275   37.09544835
S                0   41.00010245   50.49713275   30.95744835
S                0   38.42610245   46.08013275   35.59744835
O                0   41.92089755   47.92886725   39.52155165
O                0   45.96789755   47.20486725   40.51555165
O                0   43.71589755   47.61886725   42.08955165
O                0   44.84089755   46.23286725   37.87655165
O                0   41.17989755   50.81786725   39.69155165
O                0   39.29410245   47.46513275   35.82344835
O                0   39.46210245   50.45913275   30.91744835
O                0   37.10310245   46.49413275   35.40044835
O                0   38.91410245   45.44213275   34.38344835
O                0   38.67310245   45.35313275   36.84644835
N                0   40.63510245   47.40413275   36.33844835
C                0   44.80989755   47.76986725   39.91355165
C                0   43.84489755   48.49786725   40.97155165
C                0   44.04289755   46.72886725   38.96455165
C                0   42.46789755   48.89786725   40.47955165
C               -1   42.70789755   47.28786725   38.49855165
C                0   42.49289755   50.38086725   39.82155165
C                0   41.31810245   48.43513275   36.32144835
C                0   40.90110245   49.76413275   35.69844835
C                0   41.38910245   49.90313275   34.25244835
C                0   40.92010245   48.82713275   33.31344835
C                0   41.54710245   48.91013275   31.80944835
C                0   41.57510245   50.08213275   29.36844835
H                0   45.01089755   48.63586725   39.24755165
H                0   44.50770859   49.57194783   41.02885657
H                0   43.72589755   45.87086725   39.57755165
H                0   41.77170859   49.11194783   41.21785657
H                0   42.03870859   46.60594783   37.92485657
H                0   42.95489755   50.44386725   38.81355165
H                0   42.99189755   51.03186725   40.47755165
H                0   46.66370859   46.98494783   39.66085657
H                0   44.63289755   47.48686725   42.46155165
H                0   44.29170859   45.63394783   37.29585657
H                0   39.74229141   49.83405217   35.75014343
H                0   41.21810245   50.60913275   36.34544835
H                0   41.16710245   50.85513275   33.88944835
H                0   42.49510245   49.94313275   34.24944835
H                0   41.10810245   47.82813275   33.72744835
H                0   39.86610245   48.86113275   33.21944835
H                0   40.71789755   50.49286725   38.85255165
H                0   42.66810245   48.88513275   31.94344835
H                0   41.28229141   47.84405217   31.34114343
H                0   41.91310245   51.05613275   28.91744835
H                0   42.49210245   49.45013275   29.34844835
H                0   40.69810245   49.65613275   28.82744835
O                0   39.54600000   46.98400000   40.44600000
H                0   40.10400000   47.73400000   40.22700000
H                0   40.01300000   46.24900000   40.00800000
H               -1   50.31300000   49.68700000   47.10500000
H               -1   49.02900000   49.57800000   48.28500000
H                0   49.71800000   48.12300000   47.60700000
H               -1   46.48300000   39.99700000   44.34400000
H               -1   45.05000000   39.04100000   44.63800000
H                0   45.17300000   40.00600000   43.18700000
H               -1   41.47900000   39.95700000   41.43300000
H               -1   40.47000000   38.88100000   42.37000000
H                0   39.74600000   40.17800000   41.44900000
H                0   41.03900000   40.84800000   39.60000000
H                0   40.54900000   41.27900000   37.97900000
H                0   41.68200000   39.97300000   38.23100000
H                0   36.58900000   42.51400000   35.63000000
H               -1   37.16500000   41.52700000   34.30800000
H               -1   36.45800000   40.77300000   35.71700000
H               -1   35.54800000   38.19100000   32.02300000
H               -1   34.23000000   37.10900000   31.64200000
H                0   35.01400000   38.01300000   30.36900000
H               -1   34.68500000   51.89800000   34.84100000
H               -1   34.92700000   50.33100000   34.10800000
H                0   34.60200000   50.45300000   35.82000000
H                0   35.04700000   49.08000000   42.77400000
H               -1   34.57600000   48.40000000   41.23500000
H               -1   34.57900000   47.40000000   42.66800000
H                0   50.58600000   52.08900000   41.43000000
H                0   49.33000000   50.87800000   41.33500000
H                0   50.52400000   51.00000000   40.06500000

eps=4

C H O N S 0
6-31G**
****






Desktop.zip

639.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 13

输入和输出文件

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-8-4 00:11:00 | 只看该作者 Only view this author
SMD溶剂模型有一定的数值不稳定性,容易导致不收敛。改成PCM试试
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

3#
发表于 Post on 2022-8-4 10:13:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-4 11:19 编辑

你定义了溶剂和基组了呀,坐标后面为什么还加了eps和基组定义?
结构看得脑阔痛,好像电荷数不对劲

有亚胺结构,溶剂为水,不会水解掉吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

102

帖子

0

威望

632

eV
积分
734

Level 4 (黑子)

蛋白设计爱好者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 13:17:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sun877469558 于 2022-8-4 14:11 编辑
chands 发表于 2022-8-4 10:13
你定义了溶剂和基组了呀,坐标后面为什么还加了eps和基组定义?
结构看得脑阔痛,好像电荷数不对劲

感谢您的回复,因为是酶与小分子的簇模型,所以使用酶的介电常数=4以消除边界的影响
电荷设置为2,是因为有三个谷氨酸质子化后,硫酸基团带一个负电荷
此外,您说的很对,亚胺结构是不稳定,这个反应的发生是酶促萝卜硫苷水解生成糖和糖苷配基,糖苷配基不稳定发生洛森重排生成萝卜硫素,断裂的键用箭头标出

不知以上我的理解对不对

图片1.png (36.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图片1.png

102

帖子

0

威望

632

eV
积分
734

Level 4 (黑子)

蛋白设计爱好者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-4 14:18:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-4 00:11
SMD溶剂模型有一定的数值不稳定性,容易导致不收敛。改成PCM试试

感谢王老师,我去试一试

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 15:45 , Processed in 0.167309 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list