求助萃合物结合能计算的结果与实验的结果正好相反

一五一十 · 发表于 Post on 2021-6-22 15:34:42

我用guassion优化得到萃合物的结构，如下图所示，优化完之后我分别计算了Zn离子和优化后得到的两个萃取剂分子的能量（直接在优化后的萃合物上扣掉了Zn离子），然后用得到的能量求和在减去萃合物的能量得到结合能，然后用这个能量来表征那个萃合物更稳定，从而判断那个萃取剂的性能更好。但是计算的结果却与实验的的结果正好相反，请问这是什么原因呢，优化的关键词b3lyp/genecp opt=maxcycle=100 scf=(maxcycle=100,xqc) em=gd3bj ，H C 用的6-31g*,o p用的6-311g*，Zn用的lanl2dz，能量计算时用的6-311+g**。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-22 17:53:18

Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和，第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真空里萃取剂离子和裸露的Zn2+的配位，这显然完全不符合实际，第一会严重高估结合能（因为裸露的Zn2+比水溶液里的Lewis酸性要强得多），第二会忽略萃取剂分子之间的疏水相互作用，如果你研究的萃取剂只有疏水基团不同的话，彼此之间的差别完全可能是因为疏水作用的强度不同，如果你不加溶剂模型，就完全算不出疏水作用。
此外，你的疏水基的flexibility比较强，应该做构象搜索，你用的构象如果不是最稳定构象的话，很可能不能代表真实体系。

一五一十 · 发表于 Post on 2021-6-22 18:16:21

wzkchem5 发表于 2021-6-22 17:53
Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和，第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真 ...

好的，谢谢

一五一十 · 发表于 Post on 2021-6-22 19:14:00

wzkchem5 发表于 2021-6-22 17:53
Zn的第一配位层必须用显式溶剂饱和，第一配位层以外的溶剂效应必须用隐式溶剂模型描述。
你算的相当于是真 ...

我的萃合物只有疏水基团不同，但是萃取剂是溶解在有机物中啊，会是因为疏水基团的作用吗，第一个算出来的结合能是-675.13 kcal/mole，第二个是-678.13 kcal/mole，第三个是-694.10 kcal/mole，可是实验的结果是第一个萃取性能最好，第三个性能最差。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-22 20:38:02

一五一十发表于 2021-6-22 12:14
我的萃合物只有疏水基团不同，但是萃取剂是溶解在有机物中啊，会是因为疏水基团的作用吗，第一个算出来的 ...

在有机溶剂里，疏水基团也会和溶剂有相互作用，只不过可能表现为吸引而非排斥。所以忽略溶剂仍然是不行的

一五一十 · 发表于 Post on 2021-6-22 20:57:02

wzkchem5 发表于 2021-6-22 20:38
在有机溶剂里，疏水基团也会和溶剂有相互作用，只不过可能表现为吸引而非排斥。所以忽略溶剂仍然是不行的

好的，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-23 00:29:20

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“萃合物结合能”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

记住Gaussian怎么正确拼写

一五一十 · 发表于 Post on 2021-6-24 09:36:51

sobereva 发表于 2021-6-23 00:29
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的，下次一定注意

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