gcc-4.9.1+boost-1.5.5+openmpi-1.8.4+DMRG

ORCA_in_TCC

DMRG(density matrix renormalization group，密度矩阵重整化群)是号称下一代的FCI，因此在闲暇时想编译过来再玩玩。使用的source code 是量化界神童普林斯顿大学Chan组开发和维护的Block代码，下载网址：

(旧版) http://www.princeton.edu/chemistry/chan/software/dmrg/

(新版) https://github.com/sanshar/Block

旧版更稳定易安装，但是新版更快。下面介绍的是新版的并行编译。由于新版里面加了很多C++新的内容，因此Linux自带的编译器得换成推荐的gcc4.9及以上版本。

第一步，编译gcc依赖的数据库，需要root权限：

# installlibraries as root

# 下面的gmp-5.0.5，mpfr-2.4.2，mpc-0.8.1，ppl-0.12-1，isl-0.14，cloog-0.18.1都是已经解压好的。

a=/localhome/dongbo/apps/commom

cd/localhome/dongbo/apps/gmp-5.0.5

./configure --prefix=$a--enable-cxx --enable-assert CPPFLAGS=-fexceptions

make &&make check && make install

cd/localhome/dongbo/apps/mpfr-2.4.2

./configure--prefix=$a --with-gmp=$a --enable-assert

make &&make check && make install

cd /localhome/dongbo/apps/mpc-0.8.1

./configure--prefix=$a --with-gmp=$a --with-mpfr=$a

make &&make check && make install

cd /localhome/dongbo/apps/ppl-0.12-1

./configure--prefix=$a --with-gmp=$a --enable-assertions

make &&make check && make install

cd/localhome/dongbo/apps/isl-0.14

./configure--prefix=$a --with-gmp=$a --enable-assertions

make &&make check && make install

cd/localhome/dongbo/apps/cloog-0.18.1

./configure--prefix=$a --with-gmp-prefix=$a --with-gmp=system --with-bits=gmp--with-isl=$a

make &&make check && make install

# 到这里为止，全部依赖的数据库就安装好了，下面安装gcc

# 在命令行里面输入下面两行，然后开始安装gcc

exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH: $a/lib

export PATH=$a /bin:$PATH

cd/localhome/dongbo/apps/gcc-4.9.1

mkdir objdir

cd objdir

../gcc-4.9.1/configure--prefix=$a --with-gmp=$a --with-mpc=$a --with-mpfr=$a --with-ppl=$a--with-cloog=$a --enable-bootstrap --enable-build-with-cxx--enable-cloog-backend=isl --disable-libjava-multilib --enable-checking=release--disable-multilib

make all install>& make.log &

# 上面编译的全部内容是写在一行里面的；编译gcc比较耗时，估计至少得一小时

# 上面安装的时使用的是root权限，然后赋予自己使用权限

chown dongbo *

# 切换到用户

su - dongbo

# 安装并行软件openmpi-1.8.4

# installopenmpi-1.8.4 as dongbo

cd /localhome/dongbo/apps

tar zxvf openmpi-1.8.4.tar.gz

mv openmpi-1.8.4 openmpi-1.8.4_src

mkdir openmpi-1.8.4

cd openmpi-1.8.4_src

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH: $a/lib

export PATH=$a /bin:$PATH

./configure--prefix=/localhome/dongbo/apps/openmpi-1.8.4 FC=gfortran CC=gcc F77=gfortran CXX=g++

make && makecheck && make install

# 安装基于openmpi-1.8.4并行软件的C++数据库boost-1.5.5

# install boost-1.5.5as dongbo

cd /localhome/dongbo/apps

tar zxvf boost_1_55_0.tar.gz

mkdir boost-1.5.5

cd boost_1_55_0

./bootstrap.sh--prefix=/localhome/dongbo/apps/boost-1.5.5

cd/localhome/dongbo/apps/boost_1_55_0/tools/build/v2

# add a line into thefile below

vi user-config.jam

# 下面这一行是比较关键的一行

using mpi :/localhome/dongbo/apps/openmpi-1.8.4/bin/mpic++ ;

cd/localhome/dongbo/apps/boost_1_55_0

./b2 install | teemake.log

# boost-1.5.5的安装也比较耗时，估计也得一小时

# 所有软件的安装使用的是相同的编译器，这一点非常重要

# 最后是安装Block

# 编译的时候使用intel的MKL数据库，但是不适用里面的编译器

# install Block asdongbo

cd /localhome/dongbo/Block-master

vi makefile

BOOSTINCLUDE =/localhome/dongbo/apps/boost-1.5.5/include

#specify boost andlapack-blas library locations

BOOSTLIB =-L/localhome/dongbo/apps/boost-1.5.5/lib \

-lboost_serialization-lboost_system -lboost_filesystem

LAPACKBLAS = -lblas-llapack

USE_BOOST56 = no

ifeq ($(USE_BOOST56),yes)

       B56 = -DBOOST_1_56_0

endif

#use these variable toset if we will use mpi or not

USE_MPI = yes

MPI_LIB =/localhome/dongbo/apps/boost-1.5.5/lib

USE_MKL = yes

# use this variable toset if we will use integer size of 8 or not.

# molpro compilationrequires I8, since their integers are long

I8_OPT = yes

MOLPRO = no

OPENMP = no

# add Molcas interfaceto libqcdmrg.so

# molcas compilationw/ -64 option requires I8 as well

MOLCAS = yes

ifeq ($(USE_MKL), yes)

MKLLIB =/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64

LAPACKBLAS =-L${MKLLIB} -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core

MKLFLAGS =/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include

MKLOPT =-D_HAS_INTEL_MKL

else

MKLFLAGS = .

endif

RUN_UNITTEST=no

ifeq ($(RUN_UNITTEST),yes)

UNITTEST = -DUNITTEST

endif

AR=ar

ARFLAGS=-qs

RANLIB=ranlib

ifeq ($(I8_OPT), yes)

       I8 = -D_FORTINT_64

endif

EXECUTABLE =block.spin_adapted

# change to icpc forIntel

CXX =  g++

MPICXX =/localhome/dongbo/apps/openmpi-1.8.4/bin/mpic++

make >& make.log

# 这样整个编译过程计算完成了

# 将环境变量添加到隐藏文件~/.bashrc文件中

# add environmentvariables into bashrc

# gcc openmpi-1.8.4boost-1.5.5

vi ~/.bashrc

exportPATH=/localhome/dongbo/apps/common/bin:$PATH

exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/\

localhome/dongbo/apps/common/lib64:\

/localhome/dongbo/apps/common/lib:\

/localhome/dongbo/apps/openmpi-1.8.4/lib:\

/localhome/dongbo/apps/boost-1.5.5/lib

# 下面是Block的一个测试例子

# 前提是先用molpro将单双电子积分FCIDUMP文件产生

#=input file a test=#

sym c1
orbitals FCIDUMP

nelec 20
spin 0
irrep 1

warmup local_3site
twodot_noise 1e-5 0.3

hf_occ integral
schedule default
maxM 500
maxiter 30

#====================#

smutao

dongbo 我最近在弄orca里面的DMRG

smutao

添加一点 以当备忘
编译boost的时候加入prefix可以解决没有sudo权限的问题，安装到自己目录
./b2 install --prefix=PREFIX

smutao

编译完一次boost之后
还需要加 --with-mpi
来单独编译一次boost的mpi库

smutao

http://people.smu.edu/yunwent/20 ... %E8%AE%B0%E5%BD%95/
BLOCK_DMRG编译记录

smutao

另外我发现你的帖子冗余内容太多
比如编译gcc、openmpi这些可以不写
但是boost那块写的很详细

smutao

搞了一天发现这玩意不能当成现成的量化程序用
只有关键的计算模块
晕

ORCA_in_TCC

DMRG和CASSCF一样，不像DFT和HF，不是一个black box，必须有一定的理论基础和实践经验才能算出正确的东西，不然就是GIGO garbage in, garbage out

卡开发发

smutao 发表于 2015-12-10 04:47
搞了一天发现这玩意不能当成现成的量化程序用
只有关键的计算模块
晕

必须写个接口去调用的节奏？

smutao

卡开发发 发表于 2015-12-10 19:47
必须写个接口去调用的节奏？

是的
或者用orca产生中间文件也可以
但是不如直接在orca、molpro以及qchem中直接用已经implemented的方便

smutao

卡开发发 发表于 2015-12-10 19:47
必须写个接口去调用的节奏？

我发现我之前的表述不准确
BLOCK DMRG可以作为独立的程序去用
但是需要molpro的辅助来产生fcidump文件

卡开发发

smutao 发表于 2015-12-21 05:32
我发现我之前的表述不准确
BLOCK DMRG可以作为独立的程序去用
但是需要molpro的辅助来产生fcidump文件

楼上已经做了说明，我知道啥意思了