求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-22 18:04:46

我想用xtb和molclus对溴离子和水分子形成的团簇做构型搜索，可是在模拟过程中包裹在水分子中央的溴离子跑飞出去了，我把温度降低到200K还是会出现这个情况，请问我应该怎么调整呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-22 20:37:30

你指定体系电荷了吗？如果不指定电荷，默认电荷是0

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-22 21:18:58

wzkchem5 发表于 2021-7-22 20:37
你指定体系电荷了吗？如果不指定电荷，默认电荷是0

请问指定电荷的命令是什么呢？我确实没有指定电荷

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-22 22:17:33

邱美佳发表于 2021-7-22 14:18
请问指定电荷的命令是什么呢？我确实没有指定电荷

参见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-22 22:35:10

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:17
参见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

我加了--chrg -1 这个命令来指定电荷，可是那个离子还是飞了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-22 22:41:46

邱美佳发表于 2021-7-22 15:35
我加了--chrg -1 这个命令来指定电荷，可是那个离子还是飞了

检查xtb输出文件，看看电荷到底有没有指定成功

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-23 00:03:24

wzkchem5 发表于 2021-7-22 22:41
检查xtb输出文件，看看电荷到底有没有指定成功

我打开了xtbtopo.mol这个文件，里面好像有电荷的信息，这样不知道算不算指定成功了

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:56:30

屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-23 11:03:23

sobereva 发表于 2021-7-23 03:56
屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

非常感谢卢老师，我再试试！

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-23 21:52:09

sobereva 发表于 2021-7-23 03:56
屏幕上输出的信息里能看到净电荷设了多少，确认净电荷没问题的话，加上球形限制势再试，例：

卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz --input md.inp --omd --gfn 0 --chrg -1进行几何优化和md模拟，可是溴离子还是飞出去了，调整了很久还是不知道怎么解决，我上传了相关文件，您能帮我看看吗

RAL · 发表于 Post on 2021-7-23 22:12:23

邱美佳发表于 2021-7-23 21:52
卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz ...

单看这段轨迹，Br-也没有跑飞啊

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-7-23 22:17:42

RAL 发表于 2021-7-23 22:12
单看这段轨迹，Br-也没有跑飞啊

我用genmer产生初始构型的时候每一个构型溴离子都有被水分子均匀包裹，可是跑xtb后溴离子始终没有被水分子包裹。

RAL · 发表于 Post on 2021-7-23 22:24:30

邱美佳发表于 2021-7-23 22:17
我用genmer产生初始构型的时候每一个构型溴离子都有被水分子均匀包裹，可是跑xtb后溴离子始终没有被水分 ...

首先，MD模拟中原子都有自己的速度，不可能形成完美的水合离子构型，这个要提取轨迹再做结构优化才可能得到；其次，如果你认为Br-与H的距离在3～4A也不算包裹的话，那emmm

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 23:24:17

邱美佳发表于 2021-7-23 21:52
卢老师，我按照您说的在md.inp文件中加了限制势，然后按照您的博文在第一步的时候用这个命令xtb traj.xyz ...

你都没提供xtb跑出来的轨迹，没法说
另外，当前模拟应当同时加上ALPB或GBSA隐式溶剂模型表现更外面的水环境

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-23 23:47:13

sobereva 发表于 2021-7-23 16:24
你都没提供xtb跑出来的轨迹，没法说
另外，当前模拟应当同时加上ALPB或GBSA隐式溶剂模型表现更外面的水 ...

我之前做过显式/隐式混合溶剂的AIMD，发现那样水分子更容易跑飞。这个也容易理解，因为如果不加隐式溶剂模型，相当于模拟的是一个小水滴，水分子要想跑飞等于是在蒸发，所以室温下水分子大致还是倾向于团聚在一起。但是如果加隐式溶剂模型，水分子不管是否跑飞，感受到的环境都是液态水，所以没有任何内在因素阻止它们跑远。而且这种情况下也不是特别好加球形限制势解决，尤其是如果隐式溶剂会高估溶剂-溶质相互作用的话。因为球的半径稍微大一点，水分子就会跑到限制势的边界，让溶质暴露在隐式溶剂里，因为这样可以降低体系总能量；球的半径稍微小一点，就相当于在模拟高压下的水，又怕结果不真实。相比之下，不加隐式溶剂就没有这个问题，球的半径往大了选就行，选太大了无非是外面一层是真空层，有一点水蒸汽，水滴部分的描述仍然是真实的。
不知道对于这种情况sob老师有没有什么比较好的解决方案？

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