有大神知道如何在NAMD里计算溶液的粘度吗？

southeastBig · 发表于 Post on 2020-3-10 19:04:27

如题，求解！

coolrainbow · 发表于 Post on 2020-3-10 23:45:25

搜索Green-Kubo公式，无数个paper可以教你

另外NAMD粘度似乎总是不准，Gromacs更可靠一些

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-11 11:21:14

GROMACS里用特有的周期扰动法算粘度是最佳选择之一

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-3-13 11:49:24

sobereva 发表于 2020-3-11 11:21
GROMACS里用特有的周期扰动法算粘度是最佳选择之一

老师，我采用周期性扰动法计算粘度时发现结果依赖于给的加速度，如果这个怎么知道指定的加速度是否合理呢？

ulosggs · 发表于 Post on 2020-3-13 18:21:55

realjun.zhou 发表于 2020-3-13 11:49
老师，我采用周期性扰动法计算粘度时发现结果依赖于给的加速度，如果这个怎么知道指定的加速度是否合理呢 ...

施加的加速度越小，计算得到的粘度越大。
粘度越低，粘度受加速度影响越小，但总是需要外推得到零加速度下的粘度。
以我的经验，对于大部分流体，可以计算0.01-0.04 nm/ps**2 加速度下的粘度，然后外推到零加速度。

realjun.zhou · 发表于 Post on 2020-3-14 09:42:38

ulosggs 发表于 2020-3-13 18:21
施加的加速度越小，计算得到的粘度越大。
粘度越低，粘度受加速度影响越小，但总是需要外推得到零加速度 ...

谢谢回复。我之前模拟聚合物在水溶液中的粘度时，加速度超过0.02 基本就不稳定了，而去掉加速度项一切正常。对于活性剂胶束体系也有这种问题，用较小的加速度才行，算出来的粘度值也不是很合理。

ulosggs · 发表于 Post on 2020-3-14 20:52:56

realjun.zhou 发表于 2020-3-14 09:42
谢谢回复。我之前模拟聚合物在水溶液中的粘度时，加速度超过0.02 基本就不稳定了，而去掉加速度项一切正 ...

高分子溶液的粘度用常规方法没法计算的。粘度主要取决于高分子链之间的交联，和小分子流体的粘度很不一样。

fwan1006 · 发表于 Post on 2021-8-2 16:50:01

ulosggs 发表于 2020-3-13 18:21
施加的加速度越小，计算得到的粘度越大。
粘度越低，粘度受加速度影响越小，但总是需要外推得到零加速度 ...

我模拟一些烃类物质的粘度，加速度设置到0.001的时候粘度模拟值就已经比实验值要高得多了，再外推到0 得到的粘度只会更大，偏离实验值更多。感觉这个周期微扰法引入的额外加速度都粘度影响太大了，请问一下gromacs有没有直接用平衡的green-kubo方法模拟粘度的教程啊

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