分子动力学模拟最终结构断裂

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-27 20:45:42

本帖最后由刘梦琪于 2024-12-27 22:16 编辑

想问一下大家，为什么我跑完动力学模拟用gmx editconf -f md.gro -o B.pdb，将最终结构导出为pdb格式的时候，构像变得断裂了呢？
是哪里操作出问题了吗？
我是将两个蛋白分子对接了之后，进行的动力学模拟。
两个蛋白是乳白蛋白和乳球蛋白，初始结构是这样的

SiqiLee · 发表于 Post on 2024-12-27 21:31:19

至少贴一下结构信息吧

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-27 21:54:01

蛋白是否有两条或多条链，导出pdb的时候链信息丢失，手动补上即可

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-27 22:10:52

Seyilaxa 发表于 2024-12-27 21:54
蛋白是否有两条或多条链，导出pdb的时候链信息丢失，手动补上即可

是两个蛋白分子对接后的结果。要是手动补的话是需要把断的位置一个个补上吗？好像有点太多了

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-27 22:17:07

SiqiLee 发表于 2024-12-27 21:31
至少贴一下结构信息吧

已更新了结构信息

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-28 01:29:37

看看是否要改一改pdb的chain id

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-28 10:55:58

刘梦琪发表于 2024-12-27 22:10
是两个蛋白分子对接后的结果。要是手动补的话是需要把断的位置一个个补上吗？好像有点太多了

VS Code可以按列修改文本，修改起来很方便，直接在对应列添加chain信息
专业一点的文本编辑软件应该也有类似的功能

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:22:47

student0618 发表于 2024-12-28 01:29
看看是否要改一改pdb的chain id

麻烦请教一下如何更改pdb的链名称呀？可以分享一下代码嘛？

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-29 18:32:45

Seyilaxa 发表于 2024-12-28 10:55
VS Code可以按列修改文本，修改起来很方便，直接在对应列添加chain信息
专业一点的文本编辑软件应该也有 ...

想问一下，用VS Code打开的时候发现最终结构的长度比原始pdb结构长很多。请问这是正常的嘛？这种情况应该如何分割呢？一个2746行，一个4515行

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-12-29 21:32:35

刘梦琪发表于 2024-12-29 18:32
想问一下，用VS Code打开的时候发现最终结构的长度比原始pdb结构长很多。请问这是正常的嘛？这种情况应该 ...

通常解析的晶体结构文件中是不带氢原子的，模拟时要把氢原子补上
对照pdb文件的标准格式（或者就对照你最开始的pdb文件），在每一行的残基名称后面补上链编号就行

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-12-30 16:19:07

Seyilaxa 发表于 2024-12-29 21:32
通常解析的晶体结构文件中是不带氢原子的，模拟时要把氢原子补上
对照pdb文件的标准格式（或者就对照你 ...

感谢，改完格式正确了。

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